LINKVIEW 是一个将序列比对结果（或其它任何适合的数据）进行可视化作图的工具。 本工具设计灵感来源于circos软件，因为在日常工作中需要对blast比对结果进行可视化显示，但是找不到合适的软件(circos仅能作环状的图)，所以开发了这款工具。 使用LINKVIEW可以绘制出整体或局部的比对情况，支持自定义高亮、导入gff文件以绘制基因结构、有多种风格供选择。请看效果图：

在 ptyhon 2.7.9 和 3.6.2 测试通过

svg 转 png 时需要调用 inkscape, 在 inkscape 0.91 测试通过

1. 输入文件 在使用LINKVIEW作图前，需要先准备一个alignment文件，可以自定义，也可以直接使用blastn或MUMmer的比对结果。 自定义的输入文件格式如下： chr1 start1 end1 chr2 start2 end2 [color:opacity] 该文件每行为一个alignment。 chr1和chr2表示序列(染色体)名称； start1、end1、start2、end2为位点位置(bp，整数)，表示chr1的start1到end1比对上chr2的start2到end2； color:opacity 表示该比对块绘制的颜色和透明度，可以省略，缺省值按照指定的风格有所不同。

   可以直接将比对软件的输出作为LINKVIEW的输入文件，目前支持blastn(tabular格式，见example3)和MUMmer(show-coords生成的文件，见example1)， 以及minimap2(paf格式)

   当准备好输入文件后，即可运行LINKVIEW：

   ./LINKVIEW.py [-t TYPE] input
   

2. KARYOTYPE文件 若不指定KARYOTYPE文件，LINKVIEW会绘制输入文件中的所有染色体，并自动分配它们在图中的位置。 通过-k参数指定一个KARYOTYPE文件，可以指定需要绘制的染色体及其在图中的位置和所需绘制的区间。 KARYOTYPE 格式下：

   chr1[:start1:end1] chr2[:start2:end2]
   chr3[:start3:end3]
   

   每一行对应图中的每一横排，上面内容的含义是将chr1和chr2绘制在第一横排，且chr1在左，chr2在右，chr3绘制在第二横排； start和end指定需要绘制的该染色体的区间，可以省略，若省略，则LINKVIEW会根据输入文件计算出包含所有alignment的最小区间。

3. HIGHLIGHT文件 LINKVIEW 可以将染色体上部分区段高亮显示。 通过 -hl参数指定一个HIGHLIGHT文件，格式如下：

   chr start end [color]
   

   该文件每一行表示一个高亮区块，上面内容表示chr的start到end区间显示为高亮， 颜色可以省略，默认颜色为red

4. CHR_LEN文件 通过--chr_len参数指定CHR_LEN文件，格式如下：

   chr1 len1
   chr2 len2
   

   该文件指定每条染色体的长度，如果指定该文件，KARYOTYPE文件中指定的染色体区间不完整展示时，没展示的部分将以一条短横线代替

5. 其它参数

值得注意的是，可以通过-p指定PARAMETER文件，为每一横排指定参数，PARAMETER文件的每一行对应作图的每一横排，格式为parameter=value，例如：

chro_axis=1 label_angle=30
label_font_size=20

上面内容的含义是，作图的第一横排显示刻度，标签旋转30°，第二横排字体大小为20px

• 2020.05.22： 输入文件可以同时指定多个，通过逗号（,）分隔；KARYOTYPE文件文件中可以重复写同一个序列名
• 2020.06.01：输入文件格式支持minimap2的输出格式paf

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