HN-score (human and mouse)

1. human

   • https://doi.org/10.6084/m9.figshare.23944935.v2
   • figshareにアップロードされているHN-scoreのデータをダウンロード
   • 使用されているgene nameに変更があることが判明したのでEnsembl gene IDに変換
   • g:profilerにアクセス
   • Ensembl genes 110のバージョンを使用
   • 重複してヒットした場合は遺伝子シンボルが同じIDを選択
   • すでに｢Previous name｣になっている場合はHGNCにアクセスし､再度手作業でIDを取得

   2023/11/05

   • 遺伝子の抽出の条件を変更したので再度同じ作業を実行
   • 重複してヒットした場合は遺伝子シンボルが同じIDを選択
   • HGNC accessed 2023/11/05
   • g:profiler accessed 2023/11/05

   2023/11/13

   • ファイルを間違って消してしまい､更にgitで追跡していなかったので再度同じ作業(g:convert)を実行
   • 重複してヒットした場合は遺伝子シンボルが同じIDを選択
   • HGNC accessed 2023/11/13
   • g:profiler accessed 2023/11/13

   Gene Convert (previous gene name -> current gene name) (2023/11/13)

    1. CDRT1: FBXW10B <https://www.genenames.org/data/gene-symbol-report/#!/hgnc_id/HGNC:14379>
    2. C7ORF61: SPACDR <https://www.genenames.org/data/gene-symbol-report/#!/hgnc_id/HGNC:22135>
    3. DDX58: RIGI <https://www.genenames.org/data/gene-symbol-report/#!/hgnc_id/HGNC:19102>
    4. C16ORF71: DNAAF8 <https://www.genenames.org/data/gene-symbol-report/#!/hgnc_id/HGNC:25081>
    5. GPR1: CMKLR2 <https://www.genenames.org/data/gene-symbol-report/#!/hgnc_id/HGNC:4463>
   

2. mouse

   • https://doi.org/10.6084/m9.figshare.23945073.v2
   • figshareにアップロードされているHN-scoreのデータをダウンロード
   • 使用されているgene nameに変更があることが判明したのでEnsembl gene IDに変換
   • g:profilerにアクセス
   • Ensembl genes 110のバージョンを使用 (AFFY_MOGENE_2_1_ST_V1)
   • 重複してヒットした場合は遺伝子シンボルが同じIDを選択
   • ない場合はMGIでも変換して検索
   • figshareのデータを更新

   Gene Convert (previous gene name -> current gene name) (2023/11/24 accessed) (MGI accessed 2023/11/24)

    1. GM21738: [対応するEnsembl gene IDなし]
    2. GM38100: Becn2 <https://www.informatics.jax.org/marker/MGI:2684950> 
    3. FAM71D: Garin2 <https://www.informatics.jax.org/marker/MGI:1918147>
    4. GM5741: Gng14 <https://www.informatics.jax.org/marker/MGI:3645690>
    5. AF366264: Semp2l2a <https://www.informatics.jax.org/marker/MGI:2667157>
    6. GM10720: ENSMUSG00000074564 (MGIでは変換が出てきた) <https://useast.ensembl.org/Mus_musculus/Gene/Idhistory?g=ENSMUSG00000074564>
    7. GM10800: ENSMUSG00000075014 (MGIでは変換が出てきた) <https://useast.ensembl.org/Mus_musculus/Gene/Idhistory?g=ENSMUSG00000075014>
    8. GM10801: ENSMUSG00000075015 (MGIでは変換が出てきた) <https://useast.ensembl.org/Mus_musculus/Gene/Idhistory?g=ENSMUSG00000075015>
    9. 1700007K13RIK: Pierce1 <https://www.informatics.jax.org/marker/MGI:1916577>
    10. Snapc1l: ENSMUSG00000114046 (MGIでは変換が出てきた) <https://useast.ensembl.org/Mus_musculus/Gene/Idhistory?g=ENSMUSG00000114046>
    11. GM10718: ENSMUSG00000095186 (MGIでは変換が出てきた) <https://useast.ensembl.org/Mus_musculus/Gene/Idhistory?g=ENSMUSG00000095186>
    12. GM11032: ENSMUSG00000079010 (MGIでは変換が出てきた) <https://useast.ensembl.org/Mus_musculus/Gene/Idhistory?g=ENSMUSG00000079010>
    13. GM43518: ENSMUSG00000105875 (MGIでは変換が出てきた) <https://useast.ensembl.org/Mus_musculus/Gene/Idhistory?g=ENSMUSG00000105875>
    14. A730071L15RIK: ENSMUSG00000096923 (MGIでは変換が出てきた) <https://useast.ensembl.org/Mus_musculus/Gene/Idhistory?g=ENSMUSG00000096923>
    15. 4930558C23RIK: Ctxnd2 <https://www.informatics.jax.org/marker/MGI:1914904>
    16. GM10799: ENSMUSG00000075006 (MGIでは変換が出てきた) <https://useast.ensembl.org/Mus_musculus/Gene/Idhistory?g=ENSMUSG00000075006>
    17. 4632433K11RIK: ENSMUSG00000116184 (MGIでは変換が出てきた) <https://useast.ensembl.org/Mus_musculus/Gene/Idhistory?g=ENSMUSG00000116184>
    18. GM10203: ENSMUSG00000067292 (MGIでは変換が出てきた) <https://useast.ensembl.org/Mus_musculus/Gene/Idhistory?g=ENSMUSG00000067292>
    19. G530012D18RIK: ENSMUSG00000094127 (MGIでは変換が出てきた) <https://useast.ensembl.org/Mus_musculus/Gene/Idhistory?g=ENSMUSG00000094127>
    20. GM50364: ENSMUSG00000117732 (MGIでは変換が出てきた) <https://useast.ensembl.org/Mus_musculus/Gene/Idhistory?g=ENSMUSG00000117732>