1.cd <path/to/miccai2d_docker>
2.docker pull pytorch/pytorch:1.12.1-cuda11.3-cudnn8-runtime
3.docker build -t miccai2d .
4.docker save -o miccai2d.tar miccai2d 构建完成后会有一个miccai2d.tar文件

1.解压miccai2d_docker.zip文件到本地，若里面没有miccai2d.tar镜像文件，请从上面的Docker链接中下载并保存到miccai2d_docker文件中
2.在miccai2d_docker文件内打开git bash
3.执行mkdir outputs, outputs文件用于存放最后的预测结果
4.执行docker load --input miccai2d.tar，加载镜像
5.执行docker run -it --name='miccai2d_container' --gpus=all miccai2d，运行容器，会自动执行推理脚本infer.sh
6.执行docker cp miccai2d_container:/infers_fusai/ outputs，将docker容器内的结果导出到outputs文件得到最终预测结果

1.fusai_image文件存放复赛测试集
2.infers_fusai为排行榜上0.9621的预测结果
3.save model文件包含模型权重
4.outputs文件初始为空，执行完上面的命令后会有跟infers_fusai中一样的结果

GPU显存16G以上 cuda11.3以上

主要用的是segmentation-models-pytorch这一个语义分割库，这个库对新手非常友好，内置了许多主流的Backbone和SegHead。 其实目前工业界主流的还是用mmsegmentation，这个库基于mmcv构建，模型更加全面，但是这个库的AIP接口太高级了，改动起来有点麻烦，对于新手不是很友好。

初赛包含2000张有标签数据与500张测试数据 Backbone部分使用了MixVisionTransformer(mit-b1、mit-b2、mit-b3)，分割头一开始用的是DeeplabV3+， 但是效果不太好，后面尝试了不同的分割头发现Manet的效果是最好的。

ENCODER = 'mit_b1'
ENCODER_WEIGHTS = 'imagenet'
CLASSES =  ['background', 'tooth']
ACTIVATION = 'sigmoid' 
model= smp.MAnet(
    encoder_name=ENCODER,
    encoder_depth=5,
    decoder_channels= (256, 128, 64, 32, 16),
    encoder_weights=ENCODER_WEIGHTS,
    # decoder_pab_channels=128,
    classes=len(CLASSES),
    activation=ACTIVATION,
)

数据增强部分使用albumentations库，包括RandomFlip,ShiftScaleRotate,ElasticTransform,GaussianBlury以及一些颜色对比度变化如 ColorJitter和RandomBrightnessContrast。由于图片尺寸固定为320*640，因此没有使用Crop和Resize操作。
尝试了Cutout、Cutmix和classmix操作，但是好像并没有多大提升。

损失函数部分使用了Dice和SoftBCEloss的组合，比例系数为7:3

class CustomLoss(base.Loss):
    def __init__(self):
        super(CustomLoss, self).__init__()
        self.diceloss = smp.losses.DiceLoss(mode='binary')
        self.binloss = smp.losses.SoftBCEWithLogitsLoss(reduction='mean', smooth_factor=0.1)

    def forward(self, output, mask):
        dice = self.diceloss(output, mask)
        bce = self.binloss(output, mask)
        loss = dice * 0.7 + bce * 0.3
        return loss

Epoch为200，优化器使用AdamW，初始学习率为1e-4，采用组合学习率策略如下:

schedulers = [
            torch.optim.lr_scheduler.CosineAnnealingWarmRestarts(optimizer,T_0=1, T_mult=2, eta_min=1e-6,),
            torch.optim.lr_scheduler.CosineAnnealingLR(optimizer=optimizer, T_max=10, eta_min=1e-6)]
lr_scheduler =  torch.optim.lr_scheduler.SequentialLR(optimizer,schedulers,milestones=[62])

推理时对原始图像分别进行水平镜像和垂直镜像预测，然后再翻转回去，最后取三次预测结果的平均作为最终结果

x_tensor1 = torch.from_numpy(image1).to(DEVICE).unsqueeze(0)
pred_mask1 = best_model(x_tensor1)
pred_mask1 = pred_mask1[:,0,:]

x_tensor2 = torch.flip(x_tensor1, [2])
pred_mask2 = best_model(x_tensor2)
pred_mask2 = torch.flip(pred_mask2, [2])[:,0,:]

x_tensor3 = torch.flip(x_tensor1, [3])
pred_mask3 = best_model(x_tensor3)
pred_mask3 = torch.flip(pred_mask3, [3])[:,0,:]

保存不同模型对每张图像的概率logits，进行平均加权融合

复赛与初赛不同，包含900张有标签数据、2000张无标签数据和500张测试数据
直接使用初赛集成模型在复赛排行榜上可以达到0.9599，已经是一个不错的分数了。

复赛首先将初赛的模型作为预训练权重，一开始我并没有使用无标签数据， 只使用900张有标签数据训练的分数如下:

然后我使用mit-b2-Manet-depth4模型对无标签数据进行推理，同时为了减少低质量的伪标签选择了置信度前Top1000张伪标签加入训练集,伪代码如下:

tta_pred_mask = np.load('save probability/xxx.npy')#使用初赛模型得到的无标签数据的概率logits
uncertainties = {}
for i in range(2000):
    read_data = tta_pred_mask1[i]
    uncertainty = -np.sum(read_data*np.log(read_data))/np.sum(read_data)#计算信息熵
    uncertainties[i] = uncertainty

复赛阶段我使用了五折CV，将训练集随机划分五折训练五次。由于提交次数限制和时间关系，我只选择了mit-b2-Manet-depth4这个模型， 最后在加入伪标签数据之后，5个mit-b2-Manet-depth4模型融合的结果在复赛测试集上达到了0.9621(其实提升并不是很明显)。

• 复赛初期我把大部分时间都花在了端到端的半监督模型尝试上，我尝试了使用mean-teacher架构的U2PL对比学习损失以及一致性损失， 但是并没有得到一个很好的效果。反而浪费了很多时间，最后发现还不如分两个阶段打伪标签效果来的好。
• 后处理：尝试使用了cv2的膨胀腐蚀操作和去除孔洞操作，反而掉点了，可能是参数设置的有问题。
• 在初赛阶段还使用了transformers库中号称SOTA效果的Segformer，但是对于这个数据集并没有多少效果，在初赛排行榜上只有0.955左右。
• 使用mmseg的Swin-B-FCN模型和Swin-B-Uperhead模型，效果不佳且需要算力要求较高，放弃。

• 二分类阈值调参，不一定0.5的效果最佳
• 考虑多尺度推理TTA以及滑动窗口推理TTA