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sdcurve's Introduction

sdcurve

Microserviço de curvas de crescimento baseados na Altura, Peso, IMC e Perímetro Cefálico de crianças com Síndrome de Down do sexo masculino ou feminino de 0 a 36 meses e de 3 a 18 anos.

Build Status Codacy Badge Codacy Badge

Instalação

Pega o repositório do github: git clone https://github.com/VictorArnaud/sdcurve.git

Instalar dependencias para rodar o python3 e pip3

sudo apt-get update

sudo apt-get install -y python3-dev sqlite python3-pip libpq-dev
sudo apt-get install -y gettext

Criar o ambiente virtual de desenvolvimento (virtualenvwrapper)

sudo pip3 install --upgrade pip
sudo pip3 install virtualenvwrapper

No arquivo .bashrc do link insira:

WORKON_HOME=~/.virtualenvs
VIRTUALENVWRAPPER_PYTHON=/usr/bin/python3
source /usr/local/bin/virtualenvwrapper.sh

  • Para criar um ambiente virtual: mkvirtualenv <venv_name>

  • Para entrar no ambiente virtual: workon <venv_name>

  • Para sair do ambiente virtual: deactivate

  • Para remover o ambiente virtual: rmvirtualenv <venv_name>

Instalar dependencias do projeto dentro do ambiente virtual

pip install -r requeriments.txt

Rodar comandos para popular o banco de dados

python3 manage.py migrations
python3 manage.py migrate

Rode o servidor

python3 manage.py runserver 0.0.0.0:8000

Como usar

Esse microserviço disponibiliza de todas as curvas de crescimento necessárias para que o médico possa acompanhar melhor seus pacientes com síndrome de down.

Todos os endpoints disponibilizam:

  • Título da curva (title)

  • Eixo X da curva, ou seja, as idades (ages)

  • Os percentis gerados para peso, estatura e perímetro cefálico (percentis_3, percentis_10, percentis_25, percentis_50, percentis_75, percentis_90 e percentis_97)

  • Os percentis gerados para IMC (percentis_5, percentis_10, percentis_25, percentis_50, percentis_75, percentis_85, percentis_90 e percentis_95)

  • Um atributo chamado "graphic" tendo uma reorganização dos dados acima para plotagem em APIS de gráficos como Google Charts

  • Resultado de um consulta aos gráficos, por exemplo, ao inserir o peso, idade, sexo e intervalo de idade (0 a 36 meses ou 3 a 18 anos) da criança o resultado será se a criança está no peso médio (0), acima do peso médio (1) ou abaixo do peso médio (-1) estipulado pelos valores dentro dos percentis, ou seja, entre os percentis_3 e percentis_97 a crianças está com o peso na medida normal, abaixo do percentis_3 está com o peso abaixo da média e acima do percentis_97 está com o peso acima da média normal.

OBS: Em estatística descritiva, os percentis são medidas que dividem a amostra ordenada (por ordem crescente dos dados) em 100 partes, cada uma com uma percentagem de dados aproximadamente igual.

Endpoints para curva de crescimento (Altura)

  • /api/growth-curve/height/male-years/

    cim3-20

    Fonte: (BERTAPELLI FABIO. 2016)

    Entradas: N/A

Saídas:
  - title: Título da curva.
  - ages: Idades do eixo X da curva
  - percentis_3: Curva de 3%
  - percentis_10: Curva de 10%
  - percentis_25: Curva de 25%
  - percentis_50: Curva de 50%
  - percentis_75: Curva de 75%
  - percentis_90: Curva de 90%
  - percentis_97: Curva de 97%
  - graphic: Reordenação dos dados para plotagem.

  • /api/growth-curve/height/male-months/

    cim0-36

    Fonte: (BERTAPELLI FABIO. 2016)

    Entradas: N/A

Saídas:
  - title: Título da curva.
  - ages: Idades do eixo X da curva
  - percentis_3: Curva de 3%
  - percentis_10: Curva de 10%
  - percentis_25: Curva de 25%
  - percentis_50: Curva de 50%
  - percentis_75: Curva de 75%
  - percentis_90: Curva de 90%
  - percentis_97: Curva de 97%

  • /api/growth-curve/height/female-years/

    cif3-20

    Fonte: (BERTAPELLI FABIO. 2016)

    Entradas: N/A

Saídas:
  - title: Título da curva.
  - ages: Idades do eixo X da curva
  - percentis_3: Curva de 3%
  - percentis_10: Curva de 10%
  - percentis_25: Curva de 25%
  - percentis_50: Curva de 50%
  - percentis_75: Curva de 75%
  - percentis_90: Curva de 90%
  - percentis_97: Curva de 97%
  - graphic: Reordenação dos dados para plotagem.

  • /api/growth-curve/height/female-months/

    cif0-36

    Fonte: (BERTAPELLI FABIO. 2016)

    Entradas: N/A

Saídas:
  - title: Título da curva.
  - ages: Idades do eixo X da curva
  - percentis_3: Curva de 3%
  - percentis_10: Curva de 10%
  - percentis_25: Curva de 25%
  - percentis_50: Curva de 50%
  - percentis_75: Curva de 75%
  - percentis_90: Curva de 90%
  - percentis_97: Curva de 97%
  - graphic: Reordenação dos dados para plotagem.

  • /api/growth-curve/height/result/

    Entradas:
  - height (cm): Altura da criança
  - age: Idade da criança.
  - gender: 'M' (Masculino) ou 'F' (Feminino).
  - interval: 'months' (0 a 36 meses) ou 'years' (3 a 18 anos).

Saídas (result):
  -  0: Se a criança está na altura média.
  -  1: Se a criança está acima da altura média.
  - -1: Se a criança está abaixo da altura média.

Endpoints para curva de crescimento (Peso)

  • /api/growth-curve/weight/male-years/

    pim3-20

    Fonte: (BERTAPELLI FABIO. 2016)

    Entradas: N/A

Saídas:
  - title: Título da curva.
  - ages: Idades do eixo X da curva
  - percentis_3: Curva de 3%
  - percentis_10: Curva de 10%
  - percentis_25: Curva de 25%
  - percentis_50: Curva de 50%
  - percentis_75: Curva de 75%
  - percentis_90: Curva de 90%
  - percentis_97: Curva de 97%
  - graphic: Reordenação dos dados para plotagem.

  • /api/growth-curve/weight/male-months/

    pim0-36

    Fonte: (BERTAPELLI FABIO. 2016)

    Entradas: N/A

Saídas:
  - title: Título da curva.
  - ages: Idades do eixo X da curva
  - percentis_3: Curva de 3%
  - percentis_10: Curva de 10%
  - percentis_25: Curva de 25%
  - percentis_50: Curva de 50%
  - percentis_75: Curva de 75%
  - percentis_90: Curva de 90%
  - percentis_97: Curva de 97%
  - graphic: Reordenação dos dados para plotagem.

  • /api/growth-curve/weight/female-years/

    pif3-20

    Fonte: (BERTAPELLI FABIO. 2016)

    Entradas: N/A

Saídas:
  - title: Título da curva.
  - ages: Idades do eixo X da curva
  - percentis_3: Curva de 3%
  - percentis_10: Curva de 10%
  - percentis_25: Curva de 25%
  - percentis_50: Curva de 50%
  - percentis_75: Curva de 75%
  - percentis_90: Curva de 90%
  - percentis_97: Curva de 97%
  - graphic: Reordenação dos dados para plotagem.

  • /api/growth-curve/weight/female-months/

    pif0-36

    Fonte: (BERTAPELLI FABIO. 2016)

    Entradas: N/A

Saídas:
  - title: Título da curva.
  - ages: Idades do eixo X da curva
  - percentis_3: Curva de 3%
  - percentis_10: Curva de 10%
  - percentis_25: Curva de 25%
  - percentis_50: Curva de 50%
  - percentis_75: Curva de 75%
  - percentis_90: Curva de 90%
  - percentis_97: Curva de 97%
  - graphic: Reordenação dos dados para plotagem.

  • /api/growth-curve/weight/result/

    Entradas:
  - weight (kg): Peso da criança
  - age: Idade da criança.
  - gender: 'M' (Masculino) ou 'F' (Feminino).
  - interval: 'months' (0 a 36 meses) ou 'years' (3 a 18 anos).

Saídas (result):
  -  0: Se a criança está no peso médio.
  -  1: Se a criança está acima do peso médio.
  - -1: Se a criança está abaixo do peso médio.

Endpoints para curva de crescimento (IMC)

  • /api/growth-curve/imc/male/

    imcm2-18

    Fonte: (BERTAPELLI FABIO. 2016)

    Entradas: N/A

Saídas:
  - title: Título da curva.
  - ages: Idades do eixo X da curva
  - percentis_3: Curva de 5%
  - percentis_10: Curva de 10%
  - percentis_25: Curva de 25%
  - percentis_50: Curva de 50%
  - percentis_75: Curva de 75%
  - percentis_85: Curva de 85%
  - percentis_90: Curva de 90%
  - percentis_97: Curva de 95%
  - graphic: Reordenação dos dados para plotagem.

  • /api/growth-curve/imc/female/

    imcf2-18

    Fonte: (BERTAPELLI FABIO. 2016)

    Entradas: N/A

Saídas:
  - title: Título da curva.
  - ages: Idades do eixo X da curva
  - percentis_3: Curva de 5%
  - percentis_10: Curva de 10%
  - percentis_25: Curva de 25%
  - percentis_50: Curva de 50%
  - percentis_75: Curva de 75%
  - percentis_85: Curva de 85%
  - percentis_90: Curva de 90%
  - percentis_97: Curva de 95%
  - graphic: Reordenação dos dados para plotagem.

  • /api/growth-curve/imc/result/

    Entradas:
  - height (m): Altura da criança
  - weight (kg): Peso da criança
  - age: Idade da criança.
  - gender: 'M' (Masculino) ou 'F' (Feminino).

Saídas (result):
  -  0: Se a criança está no IMC médio.
  -  1: Se a criança está acima do IMC médio.
  - -1: Se a criança está abaixo do IMC médio.

Endpoints para curva de crescimento (perímetro cefálico)

  • /api/growth-curve/perimeter/male/

    pcim0-24

    Fonte: (BERTAPELLI FABIO. 2016)

    Entradas: N/A

Saídas:
  - title: Título da curva.
  - ages: Idades do eixo X da curva
  - percentis_3: Curva de 3%
  - percentis_10: Curva de 10%
  - percentis_25: Curva de 25%
  - percentis_50: Curva de 50%
  - percentis_75: Curva de 75%
  - percentis_90: Curva de 90%
  - percentis_97: Curva de 97%
  - graphic: Reordenação dos dados para plotagem.

  • /api/growth-curve/perimeter/female/

    pcif0-24

    Fonte: (BERTAPELLI FABIO. 2016)

    Entradas: N/A

Saídas:
  - title: Título da curva.
  - ages: Idades do eixo X da curva
  - percentis_3: Curva de 3%
  - percentis_10: Curva de 10%
  - percentis_25: Curva de 25%
  - percentis_50: Curva de 50%
  - percentis_75: Curva de 75%
  - percentis_90: Curva de 90%
  - percentis_97: Curva de 97%
  - graphic: Reordenação dos dados para plotagem.

  • /api/growth-curve/perimeter/result/

    Entradas:
  - perimeter (cm): Perímetro cefálico da criança
  - age: Idade da criança.
  - gender: 'M' (Masculino) ou 'F' (Feminino).

Saídas (result):
  -  0: Se a criança está no perímetro cefálico médio.
  -  1: Se a criança está acima do perímetro cefálico médio.
  - -1: Se a criança está abaixo do perímetro cefálico médio.

Refêrencia

BERTAPELLI FABIO. Curvas de referência de crescimento para crianças e adolescentes com síndrome de down com idade entre 0 e 20 anos. Tese de doutorado na Universidade de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas. Campinha, SP. 2016

sdcurve's People

Contributors

sconetto avatar victordeon avatar

Watchers

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sdcurve's Issues

Testes do microserviço

Motivação

Eu como usuário, gostaria de utilizar o microserviço totalmente testado.

Critérios de aceitação

  • Teste para curva de crescimento (altura)
  • Teste para curva de crescimento (peso)
  • Teste para curva de crescimento (perímetro cefálico)
  • Teste para curva de crescimento (IMC)

Curva de crescimento (Altura)

Motivação

Eu como usuário, gostaria de ter a curva de crescimento para estatura de crianças com Sindrome de Down entre 0 a 36 meses e 3 a 18 anos do sexo Masculino e Feminino.

Critérios de aceitação

  • Um endpoint dos pontos do gráfico (idade, 3%, 10%, 25%, 50%, 75%, 90% e 97%) para a curva de crescimento de estatúra masculina de 0 a 36 meses.
  • Um endpoint dos pontos do gráfico (idade, 3%, 10%, 25%, 50%, 75%, 90% e 97%) para a curva de crescimento de estatúra feminina de 0 a 36 meses.
  • Um endpoint dos pontos do gráfico (idade, 3%, 10%, 25%, 50%, 75%, 90% e 97%) para a curva de crescimento de estatúra masculina de 3 a 18 anos.
  • Um endpoint dos pontos do gráfico (idade, 3%, 10%, 25%, 50%, 75%, 90% e 97%) para a curva de crescimento de estatúra feminina de 3 a 18 anos.
  • Um endpoint para que o usuário insira a altura (CM), idade, sexo e o intervalo de idade (3 a 18 anos ou 0 a 36 meses) e retorna um valor inteiro na qual 0 equivale que a altura da criança tá na média, 1 (positivo) ta acima da média e -1 (negativo) abaixo da média

Curva de crescimento (IMC)

Motivação

Eu como usuário, gostaria de ter a curva de crescimento para IMC de crianças com Sindrome de Down entre 0 a 36 meses e 3 a 18 anos do sexo Masculino e Feminino.

Critérios de aceitação

  • Um endpoint dos pontos do gráfico (idade, 3%, 10%, 25%, 50%, 75%, 90% e 97%) para a curva de crescimento de IMC masculina de 0 a 36 meses.
  • Um endpoint dos pontos do gráfico (idade, 3%, 10%, 25%, 50%, 75%, 90% e 97%) para a curva de crescimento de IMC feminina de 0 a 36 meses.
  • Um endpoint dos pontos do gráfico (idade, 3%, 10%, 25%, 50%, 75%, 90% e 97%) para a curva de crescimento de IMC masculina de 3 a 18 anos.
  • Um endpoint dos pontos do gráfico (idade, 3%, 10%, 25%, 50%, 75%, 90% e 97%) para a curva de crescimento de IMC feminina de 3 a 18 anos.
  • Um endpoint para que o usuário insira o peso, altura, idade, sexo e o intervalo de idade (3 a 18 anos ou 0 a 36 meses) e retorna um valor inteiro na qual 0 equivale que o IMC da criança tá na média, 1 (positivo) ta acima da média e -1 (negativo) abaixo da média.

IMC = Peso em quilogramas dividido pela estatura em metros ao quadrado (Kg/m2).
Formula do IMC: Peso/Altura^2

Deploy contínuo

Motivação

Eu como desenvolvedor, gostaria de colocar o ambiente de produção no ar de forma automatizada.

Critérios de aceitação

  • Ao mandarem PRs para a master o ambiente de produção deve ser atualizado com as novas modificações
  • A integração contínua deve ser realizada antes do deploy
  • O ambiente de produção deve ser o Heroku ou o Digital Ocean

Microserviço para dr. down

Motivação

Eu como usuário (equipe de saúde) gostaria de ter as curvas de evolução e crescimento do meu paciente para ajudar no diagnóstico e demais tarefas envolvidas a fim de melhorar a percepção do paciente e meu atendimento.

Critérios de aceitação

Critérios de aceitação:

  • A lógica deve ser construído como microserviço
  • O microserviço tem que ter endpoints para a lógica de verificação se o paciente está acima ou abaixo do ideal de acordo com os gráficos disponibizados na tese de doutorado sobre curvas de crescimento para SD.
  • O microserviço deve disponibilizar de um vetor de pontos para plotar o gráfico, esse vetor deve ser das partes inferiores e superiores do gráfico que diz respeito a área ideal que o paciente deve se encontrar.
  • Deve ser testado

Curva de crescimento (Perímetro Cefálico)

Motivação

Eu como usuário, gostaria de ter a curva de crescimento para perímetro cefálico de crianças com Sindrome de Down entre 0 a 36 meses e 3 a 18 anos do sexo Masculino e Feminino.

Critérios de aceitação

  • Um endpoint dos pontos do gráfico (idade, 3%, 10%, 25%, 50%, 75%, 90% e 97%) para a curva de crescimento de perímetro cefálico masculina de 0 a 36 meses.
  • Um endpoint dos pontos do gráfico (idade, 3%, 10%, 25%, 50%, 75%, 90% e 97%) para a curva de crescimento de perímetro cefálico feminina de 0 a 36 meses.
  • Um endpoint dos pontos do gráfico (idade, 3%, 10%, 25%, 50%, 75%, 90% e 97%) para a curva de crescimento de perímetro cefálico masculina de 3 a 18 anos.
  • Um endpoint dos pontos do gráfico (idade, 3%, 10%, 25%, 50%, 75%, 90% e 97%) para a curva de crescimento de perímetro cefálico feminina de 3 a 18 anos.
  • Um endpoint para que o usuário insira o perímetro cefálico (CM), idade, sexo e o intervalo de idade (3 a 18 anos ou 0 a 36 meses) e retorna um valor inteiro na qual 0 equivale que o perímetro cefálico da criança tá na média, 1 (positivo) ta acima da média e -1 (negativo) abaixo da média.

Integração contínua

Motivação

Eu como desenvolvedor, gostaria de o microserviço tenha integração continua .

Critérios de aceitação

  • Rodar testes na integração continua
  • Fazer o deploy das imagens na integração contínua para o docker hub
  • Rodar a integração contínua no Travis CI utilizando docker.
  • Configurar para sempre rodar ao mandarem PRs para a master/develop e bloquear o PR se não for aceito.
  • Rodar e configurar a folha de estilo do projeto

Novos pontos para as curvas

Motivação

Inserir novos pontos dentro da curva para acompanhar o crescimentos da criança.

Critérios de aceitação

  • Novos pontos para curva (altura)
  • Novos pontos para curva (peso)
  • Novos pontos para curva (IMC)
  • Novos pontos para curva (perímetro cefálico)
  • O usuário irá inserir os dados de acordo com a curva, o microserviço irá pegar os dados e retornar o vetor 'graphic' com a lista de novos pontos junto com os antigos.
  • Testar funcionalidade

Curva de crescimento (Peso)

Motivação

Eu como usuário, gostaria de ter a curva de crescimento para peso de crianças com Sindrome de Down entre 0 a 36 meses e 3 a 18 anos do sexo Masculino e Feminino.

Critérios de aceitação

  • Um endpoint dos pontos do gráfico (idade, 3%, 10%, 25%, 50%, 75%, 90% e 97%) para a curva de crescimento de peso masculina de 0 a 36 meses.
  • Um endpoint dos pontos do gráfico (idade, 3%, 10%, 25%, 50%, 75%, 90% e 97%) para a curva de crescimento de peso feminina de 0 a 36 meses.
  • Um endpoint dos pontos do gráfico (idade, 3%, 10%, 25%, 50%, 75%, 90% e 97%) para a curva de crescimento de peso masculina de 3 a 18 anos.
  • Um endpoint dos pontos do gráfico (idade, 3%, 10%, 25%, 50%, 75%, 90% e 97%) para a curva de crescimento de peso feminina de 3 a 18 anos.
  • Um endpoint para que o usuário insira o peso (KG), idade, sexo e o intervalo de idade (3 a 18 anos ou 0 a 36 meses) e retorna um valor inteiro na qual 0 equivale que o peso da criança tá na média, 1 (positivo) ta acima da média e -1 (negativo) abaixo da média

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