为了简化本实验gwas工作而写的一个小的shell脚本，仅仅是将PLINK和EMMAX这两款优秀的软件结合起来使用。 PLINK用来转化文件格式和生成covariate文件，GWAS计算过程由EMMAX完成，作图过程由R完成。

##EMMAX (Efficient Mixed-Model Association eXpedited)## 混合线性模型全基因组关联分析GWAS EMMAX的链接：http://genetics.cs.ucla.edu/emmax/ ###emmax.sh 的使用方法### 1、下载emmax_workflow文件夹，目录下包括bin文件夹和emmax.sh文件。

2、准备PLINK的bed/bim/fam文件（example.bed example.bim example.fam），放在emmax_workflow目录下。

3、linux终端操作，

$ ./emmax.sh -i <plink_bedformat_prefix> -o <output_dir>
$ ./emmax.sh -i example -o out

4、在emmax_workflow目录下会生成example和out两个文件夹，out文件夹内包括emmax的计算结果和绘图结果（manhattan plot和QQ-plot）

###注意事项### 如需要对执行脚本和程序添加可执行权限： $chmod +x

如有使用问题，可联系 [email protected]。