sblabkribb / automated-protocol Goto Github PK

thermocycler에 ramp_rate 옵션이 있지만 실제로 지원하지는 않음.
5 - 10도 단위로 온도를 내리는 프로그램을 만들어 ramp rate 구현하기

• "nan" object
  Well plate 에서 well이 비워져있으면 "nan" 입력됨

DNA dispense 시간 줄이기

• DNA 다 넣고 Mix 시간 줄이기
• PCR blow_out 빼기
• 컴셀 넣고 믹스하는 시간 줄이기

Assembly

• Master mix volume 5 ul로 줄이기

기타

• Recovery에 Lid deactivation
• Spotting 직전 Cell mix 하기
• CP cell & DNA 섞고 시간 기다리기
• 처음 DNA 바로 TF 할 수 있는지 확인
  -> Reaction Plate에 있으면 가능 (Thermocycler 사용 여부 때문)

• parameters - Plate_type, Reaction_type 제거
• parameters - Enzyme_position, Deck_position 옮기기 -> Deck 이라는 상위 dict로

  "Parameters": {
    "Messenger": "Kun",
    "Number of Plate": 4,
    "Stop_between_reactions": true,
    "PCR_extension_time": 33,
    "TF_recovery_time": 20,
    "number_of_tips": 96
  },
  "Deck": {
    "Enzyme_position": {
      "PCRMix": "A1",
      "AssemblyMix": "A2",
      "DW": "A3",
      "CPcell": "A4",
      "LB": "B1"
    },
    "Deck_position": {
      "Enzyme_tube": 1,
      "p20_tip": 2,
      "p300_tip": 3,
      "DNA_plate_1": 4,
      "Reaction_plate_1": 7,
      "KM_plate": 5,
      "CM_plate": 6
    }
}

KRIBB_EXT wifi 사용해서 discord로 전송 가능 확인하였음

• windows 동작 장비 -> opentrons python에도 동일한 모듈 설치필요.

-> Protocol analyze 중에도 메시지 전달되고 있음.

• Message 전달 받을 ID 설정(discord url)
• 'None' ID 를 default 값으로

새 팁 사용할 시간을 줄일 수 있지만
코드가 복잡해져서 굳이 구현하지 않고 있음.

220222 수정 중

• Type: DNA -> source 로 변경
• JSON data name을 key : value 형식으로 전환
• Assembly 시 65도 initiation, 37도 Exonuclease 설정
• Assembly 시 or 전 DpnI (37도) 추가
• Enzyme touch tip 제거 = PCR 할 때 벽면에 묻는게 사라짐
• Spotting 전 모든 샘플을 Mix하고 Spotting 시작 -> 각 샘플별로 시작 전 Mix
• Spotting 300P로 시도하기 - 팁 개수 관련

-> DpnI, Gibson 넣고 37도 같이 돌린 후 50도로 올리기

점성이 높아 Distribution시 첫 웰에만 조금 더 많이 들어감
-> Reaction Plate의 빈 곳을 활용해서 거기로 먼저 옮기고 하면 Well height가 낮아서 지금보단 개선 될 듯 함.
-> Touch tip으론 개선 X

• 추가
  PCR product는 Enzyme 취급해서 더 낮은 속도로 옮겨야 할 것 같음.

Column 삭제 시 데이터는 삭제되지 않고 남아 있음

현재, heatshock의 Chilling, Recovery에서
While 문을 사용 특정 시간이 가기 전까지 Mix를 반복하고있음.

그러나, OT-2에서는 처음 Protocol동작 시 모든 코드를 시행 -> 변환 -> 동작 되고 있음
따라서 동작시간이 예상과 다르게 매우 짧게 계산됨 (첫 단계에서 코드를 끝까지 시행하기에)

해당 코드 동작전 if protocol.is_simulate 추가 하면 개선 되는 것 같지만 제대로 확인 필요함

dest.bottom(z=4)
touch tip 필요 없음

{
"Plates": {
"DNA_plate_0_name": {
"data": {
"A1": "pACBB_4-5",
"C1": "pET-28a(+)",
"A2": "pACBB_4-5_T7pad FWD",
"B2": "pACBB_T7-F1",
"C2": "pET-28a(+) FWD",
"A3": "pACBB_vec-R2",
"B3": "pACBB_4-5_T7pad REV",
"C3": "pET-28a(+) REV"
},
"labware": "biorad_96_wellplate_200ul_pcr",
"type": "DNA"
},
"Reaction_plate_0_name": {
"data": {
"F1": "G1",
"G1": "G2",
"H1": "G3",
"F4": "Phusion",
"G4": "HiFi"
},
"labware": "biorad_96_wellplate_200ul_pcr",
"type": "Reaction"
},
"TF_plate_0_name": {
"data": {
"A1": "Phusion",
"B1": "Phusion",
"E1": "HiFi",
"F1": "HiFi",
"A2": "Phusion",
"B2": "Phusion",
"E2": "HiFi",
"F2": "HiFi",
"A3": "Phusion",
"B3": "Phusion",
"E3": "HiFi",
"F3": "HiFi",
"A4": "Phusion",
"B4": "Phusion",
"E4": "HiFi",
"F4": "HiFi",
"A5": "Phusion",
"B5": "Phusion",
"E5": "HiFi",
"F5": "HiFi",
"A6": "Phusion",
"B6": "Phusion",
"E6": "HiFi",
"F6": "HiFi"
},
"labware": "biorad_96_wellplate_200ul_pcr",
"type": "TF"
}
},
"Reactions": {
"PCR_plate_0_name": {
"data": {
"Name": {
"0": "G1",
"1": "G2",
"2": "G3"
},
"DNA1": {
"0": "pACBB_4-5",
"1": "pACBB_4-5",
"2": "pET-28a(+)"
},
"DNA2": {
"0": "pACBB_4-5_T7pad FWD",
"1": "pACBB_T7-F1",
"2": "pET-28a(+) FWD"
},
"DNA3": {
"0": "pACBB_vec-R2",
"1": "pACBB_4-5_T7pad REV",
"2": "pET-28a(+) REV"
},
"Enzyme1": {
"0": "PCRMix",
"1": "PCRMix",
"2": "PCRMix"
},
"DW": {
"0": "DW",
"1": "DW",
"2": "DW"
}
},
"type": "PCR"
},
"Assembly_plate_0_name": {
"data": {
"Name": {
"0": "Phusion",
"1": "HiFi"
},
"DNA1": {
"0": "G1",
"1": "G1"
},
"DNA2": {
"0": "G2",
"1": "G2"
},
"DNA3": {
"0": "G3",
"1": "G3"
},
"Enzyme1": {
"0": "HotPhusion",
"1": "NEBHiFi"
},
"DW": {
"0": "DW",
"1": "DW"
}
},
"type": "Assembly"
}
},
"Reaction_volume": {
"PCR": {
"DNA1": "0.5",
"DNA2": "0.4",
"DNA3": "0.4",
"Enzyme1": "12.5",
"DW": "10"
},
"Assembly": {
"DNA1": "1",
"DNA2": "1",
"DNA3": "1",
"Enzyme1": "10",
"DW": "8"
}
},
"Parameters": {
"Number of Plate": 3,
"Plate_type": [
"DNA",
"Reaction",
"TF"
],
"Reaction_type": [
"PCR",
"Assembly"
],
"Enzyme_position": {
"HotPhusion": "A1",
"NEBHiFi": "A2",
"PCRMix": "A3",
"DW": "A4",
"CPcell": "B1",
"LB": "B2"
},
"Deck_position": {
"Enzyme_tube": 1,
"p20_tip": 2,
"p300_tip": 3,
"DNA_plate_0_name": 4,
"Reaction_plate_0_name": 7,
"TF_plate_0_name": 5
},
"number_of_tips": null
}
}

이전 프로토콜 upload 해서 데이터 불러오기

• 추가 변경 가능하도록
• .py 만 우선
• JSON의 parameters - protocol 인식

• Assembly master mix가 다른 Enzyme 대비 더 끈적하고 DW 비율이 낮아 well 안쪽 까지 잘 들어가지 않음.

• Reaction 중에도 DNA와 정상적으로 만나지 않는 듯 함

• Mix 시 bottom 에서 aspirate 후 살짝 올려서 Dispense 하는 것으로 변경 필요

• PCR, Assembly Reaction 자체도 DW 비율을 높여 희석된 상태로 진행되게 변경

최근 변경사항 계속 업데이트

• CP cell 분주 후 blow_out -> source well
  Trash 오염방지

• Recovery 중 Mix
  Cell 이 너무 아래에 깔려서 Recovery가 잘안됨

z=4.0 or 4.2 or 4.4를 설정했을 때 배지에 따라 높이가 매우 달랐음.

z=4.5에서 dispense 후 3.5로 찍고 다음 행동하기

PCR 단계에서 Template가 비어있으면 에러 발생함
Cloning.py line 750

Opentrons_simulate 사용 하여 Pick_up을 counting 가능.
-> 동작에 약 10초정도 시간이 걸림

PCR product 숫자가 서로 다른 샘플을 사용할 때
DW를 Final volume으로 해야 맞춰서 조절 할 수 있음.

-> 굳이 안해도 될 것 같긴함

반응이 끝나도 낮은 온도 유지하고 있기

맥락상 더 일반적인 것 같음

key, 코드, markdown 모두 source로 바꾸기

README 파일에 개발에 대한 필요성이나 해결하고자 하는 문제에 대한 좀 더 상세한 설명이 있으면 좋겠습니다.