La génération du plan des arbres ne parvient pas à son terme pour le dispositif val Suzon.
Le scripts marche lorsqu'on souhaite générer moins de plans(pour un nombre de placette <100 ou >100).

Cause: Le script R demande trop de ressources en local (ce qui donne lieu soit à un ordinateur qui ne répond plus, ou à la sortie automatique de la commande geonature dev-back).

Le droit PSDRF doit changer.
Actuellement, il est donné aux personnes qui administrent le module.
On devrait plutôt créer un rôle PSDRF-user pour tous les utilisateurs de geonature.
Les administrateurs de geonature auront quant à eux les droits admin de userhub pour valider les comptes sepuis la plateforme.

Il faut changer point de vigilence en vigilAnce ;-)

Ex: Carnet Combes-lavaux_Na p48, 49

ajouter un pop up, lorsque la personne appuie sur le bouton carnet, disant : " Le carnet est réalisé pour l'ensemble du dispositif, en utilisant le tarif de cubage par défaut (Schaeffer lent 12) et le regroupement des essences par défaut. Si vous souhaitez réaliser des analyses par groupes de placettes (strate, habitat, etc), avec un (des) tarif(s) de cubage(s) différent(s) ou un autre regroupement d'essences, merci de prendre contact avec Eugénie Cateau : [email protected]"

quand on exporte les données excel depuis la plateforme, il y a 2 fois la colonne taillis dans l'onglet régé (la première étant vide)

Aujourd'hui la position du bouton donne l'impression qu'il permet de valider la suppression alors que ce n'est pas le cas

Proposition de Marlène Treca

quand on exporte les données en format excel, dans l'onglet régé il y a deux colonnes "taillis", une vide et une pleine

Il y a 2 possibilités pour permettre le téléchargement de ces données :

• Ajouter une interface qui permette de choisir les paramètres de la fonction R
• Modifier le fichier R pour qu'on ressorte le même fichier à chaque fois

demande de catherine : "donner le nombre d’erreurs à corriger par type d’erreur car on ne voit pas le bout du steppeur quand il y a beaucoup d’erreurs. Si on sait d’avance qu’il y a beaucoup d’erreurs, c’est plus facile à corriger dans le fichier initial sous R ou sous excel que dans le module GeoNature"

remplacer vigilence par vigilance

En base de données, la colonne id_arbre de la table BMSsup30 ne doit pas être liée à l'id d'un arbre de la table Tarbre.
Migration necessaire pour supprimer la foreign key.

quand on exporte le fichier excel depuis la plateforme, il est très très lourd (ex pour py : 6550 Ko, après avoir copier coller ces mêmes données dans un fichier Excel, je suis à 1222 ko)

1. Table affichée deux fois

Psdrf_carnet_V3.Rnw dans template :
Ligne 1214 – 1228 commenter

print(

xtable(

tab,

digits = c(0, 0, 0, 0, 0, 0),

align = c(

"M{0cm}|", "M{4cm}|",

rep("M{2.5cm}|", dim(tab)[2] - 2),

"M{2.5cm}"

),

caption = NULL,

label = ""

),

include.rownames = FALSE,

size = "\footnotesize"

)

2. Affiche les contacts du cycle 1, même si on est en cycle 2

Psdrf_carnet_V4.Rnw dans template, section « contact » :
Ligne 1278, remplacer filter(NumDisp == disp_num) par filter(NumDisp == disp_num & Cycle == last_cycle) %>%

Dans le script ça donne ça :
<<TabContacts, fig.width = 17>>=
ListContact <-
Referents %>%
filter(NumDisp == disp_num) %>% => filter(NumDisp == disp_num & Cycle == last_cycle) %>%

3. La legende du graphique composition est décalée (sens horaire pour le graph, anti horaire pour la legende)
   Psdrf_BV.Rnw dans template, subsection composition :
   Ligne 1174 remplacer par y = round(RatioCum - Ratio / 2, 3) par y = round(1- RatioCum + Ratio / 2, 3),

Dans le script ça donne ça :
geom_text(
Ess.m,
mapping = aes(
x = ifelse(variable == "Nha", 1, 2),
y = round(RatioCum - Ratio / 2, 3) => y = round(1- RatioCum + Ratio / 2, 3),
label = ifelse(
Ratio > 0.2,
ifelse(
variable == "Nha",
paste0(EssReg, " : ", round(Ratio, 3) * 100, " %"),
paste0(round(value, 0), " m3/ha")
),
""
)
)

4. Dans psdrf_BM dans template, subsubsection{Ratio volume de bois mort / volume total} :
   Lignes 556 et 557, remplacer
   breaks = c(0, 10, 30, ifelse(max(t2$Classe, na.rm = T) > 50,
   seq(50, max(t2$Classe, na.rm = T), 20), 50)),
   par breaks =seq(0,max(t2$Classe, na.rm = T),20),

Dans le script ça donne ça :

En absolu

p1 <- ggplot() +
geom_bar(arrange(t2_abs, variable), mapping = aes(Classe, value, fill = variable), #, colour = variable
stat = 'identity', position = 'stack', alpha = 1) +

geom_hline(yintercept = Mean, colour = "blue", linetype = 2, size = 0.5) +

scale_x_continuous(expand = c(0, 0),
limits = c(0, max(t2$Classe+5, na.rm = T)),
# breaks = c(0, 10, 30, ifelse(max(t2$Classe, na.rm = T) > 50,
# seq(50, max(t2$Classe, na.rm = T), 20), 50)),
 breaks =seq(0,max(t2$Classe, na.rm = T),20),
name = "Classes de diam\u00E8tre") +

Lignes 599 et 600 idem, remplacer
breaks = c(0, 10, 30, ifelse(max(t2$Classe, na.rm = T) > 50,
seq(50, max(t2$Classe, na.rm = T), 20), 50)),
par breaks =seq(0,max(t2$Classe, na.rm = T),20),

p2 <- ggplot() +
geom_bar(t2_rel, mapping = aes(Classe, value, fill = variable),
stat = 'identity', position = 'fill') +
geom_hline(yintercept = Ratio, colour = "blue", linetype = 2, size = 0.5) +
scale_x_continuous(expand = c(0, 0),
limits = c(0, max(t2$Classe, na.rm = T)+5),
#breaks = c(0, 10, 30, ifelse(max(t2$Classe, na.rm = T) > 50,
# seq(50, max(t2$Classe, na.rm = T), 20), 50)),
breaks =seq(0,max(t2$Classe, na.rm = T),20),
name = "Classes de diam\u00E8tre") +

5. Les perches ne sont pas pris en compte dans les calculs de DMH
   Dans psdrf_Calculs.R, dans script, section dendromicrohabitat :
   ligne 2107 ajouter rbind(Perches) %>% après Arbres%>%

9/ dendromicohabitats

Codes <-
Arbres %>%
rbind(Perches) %>% # AJOUT
filter(
CodeEcolo != "" &
!is.na(NumDisp) & !is.na(NumPlac) &
!is.na(NumArbre) & !is.na(CodeEcolo)
) %>%

6. Sur l’axe des abscisses d’un graphique DMH , les catégories sont mélangées, car pas mis en facteur
   dans psdrf_CodeEco.rnw , chunk 8 :
   Ligne 303 : ajout mutate(Cat = factor(Cat, levels = c("PER", "PB", "BM", "GB", "TGB"))) %>%

Dans le script ça donne ça :
t3 <-
t.m %>%
left_join(temp) %>%
mutate(Relatif2 = Nha / NhaTot) %>%
mutate(Cat = factor(Cat, levels = c("PER", "PB", "BM", "GB", "TGB"))) %>% #ajout
arrange(Note)

7. Les valeurs des accroissements des perches n’apparaissent pas.
   Dans psdrf_calculs.R dans script , partie 2.2/ Distinction des populations (prec, per, bmp)
   Ligne 1609, commenter le mutate() :

Dans le script ça donne ça :

--- 2.2/ Distinction des populations (prec, per, bmp)

Perches

Perches <-
Arbres %>%
filter(Diam1 < 17.5 & is.na(Type)) #%>%
# mutate(
# AcctD = NA,
# AcctGper = NA,
# AcctVper = NA,
# AcctG = NA,
# AcctV = NA
# )

BMP

ET
Dans psdrf_calculs.R dans script , partie 2.3/ Calculs d'accroissement (précomptables)
Ligne 1622 Ajouter le calcul d’accroissement sur les perches

Dans le script ça donne ça :

--- 2.3/ Calculs d'accroissement (précomptables)

# DEBUT AJOUT

Perches <-
Perches %>%
calculs_acct_bv(last_cycle, Cycles) %>%
mutate(
AcctV = TauxV * Vha * AcctD,
AcctG = pi / 20000 * AcctD * Diam * Nha,
AcctG = ifelse(is.na(AcctG), 0, AcctG)
)
acct_per<-acct_bv

FIN AJOUT

Arbres <-
Arbres %>%
calculs_acct_bv(last_cycle, Cycles) %>%
mutate(
AcctV = TauxV * Vha * AcctD,
AcctG = pi / 20000 * AcctD * Diam * Nha,
AcctG = ifelse(is.na(AcctG), 0, AcctG)
)

ET
Dans psdrf_calculs.R dans script , partie 2.3/ Calculs d'accroissement (précomptables)
À la suite du calcul d’accroissement sur les arbres, rassembler acct arbres et acct perches

Dans le script ça donne ça :
Arbres <-
Arbres %>%
calculs_acct_bv(last_cycle, Cycles) %>%
mutate(
AcctV = TauxV * Vha * AcctD,
AcctG = pi / 20000 * AcctD * Diam * Nha,
AcctG = ifelse(is.na(AcctG), 0, AcctG)
)

acct_bv<- # AJOUT
acct_bv %>% # AJOUT
rbind(acct_per) # AJOUT

8. Il n’y a pas de valeurs affichées sur l’axe des abscisses du graphique evolution/bois vivant/repartition en fonction des classes de diam.
   Dans psdrf_evol_BV.Rnw (dans template), partie classe Evol

1. ligne 118, remplacer « scale_x_discrete(breaks = seq(0, X, 20)) + » par :
   scale_x_continuous(
   name = "Classes de diam\u00E8tre",
   limits = c(0, X+10),
   breaks = seq(0, X+10, 20),
   expand = c(0, 0)
   )

Ce qui donne :
geom_text(
tab3,
mapping = aes(
x = X,
y = Y,
label = paste("Vha = ", unique(som), " m3")
),
size = 2.5
) +
labs(
x = "Classes de diam\u00E8tre",
y = "Volume \u00E0 l'hectare (m3/ha)"
) +
scale_x_continuous( # AJOUT # scale_x_discrete(breaks = seq(0, X, 20)) +
name = "Classes de diam\u00E8tre", # AJOUT
limits = c(0, X+10), # AJOUT
breaks = seq(0, X+10, 20), # AJOUT
expand = c(0, 0) # AJOUT
) +
scale_fill_manual(
values = c("grey80", "grey40"),
name = "Origine\nv\u00E9g\u00E9tative"
) +
facet_wrap(~Titre, ncol = 1) +
guides(fill = guide_legend(reverse = T))

2. idem ligne 156, ce qui donne :
   p2 <-
   ggplot() +
   geom_bar(
   tab,
   mapping = aes(
   x = Classe,
   y = Nha,
   fill = Population
   ), stat = "identity"
   ) +
   theme_bw() +
   theme(
   axis.text.x = element_text(size = 8),
   axis.title.x = element_text(size = 9),
   axis.text.y = element_text(size = 8),
   axis.title.y = element_text(size = 9),
   strip.text = element_text(
   size = 7, colour = "lightsteelblue4", face = "bold"
   ),
   strip.background = element_rect(fill = NA, colour = NA)
   ) +
   labs(
   x = "Classes de diam\u00E8tre",
   y = "Densit\u00E9 de tiges \u00E0 l'hectare (tiges/ha)"
   ) +
   scale_x_continuous( # AJOUT #scale_x_discrete(breaks = seq(0, X, 20)) +
   name = "Classes de diam\u00E8tre", # AJOUT
   limits = c(0, X+10), # AJOUT
   breaks = seq(0, X+10, 20), # AJOUT
   expand = c(0, 0) # AJOUT
   ) +
   scale_fill_manual(values = c("grey80", "grey40"))+
   facet_wrap(~Titre, ncol = 1)