- Table affichée deux fois
Psdrf_carnet_V3.Rnw dans template :
Ligne 1214 – 1228 commenter
print(
xtable(
tab,
digits = c(0, 0, 0, 0, 0, 0),
align = c(
"M{0cm}|", "M{4cm}|",
rep("M{2.5cm}|", dim(tab)[2] - 2),
"M{2.5cm}"
),
caption = NULL,
label = ""
),
include.rownames = FALSE,
size = "\footnotesize"
)
- Affiche les contacts du cycle 1, même si on est en cycle 2
Psdrf_carnet_V4.Rnw dans template, section « contact » :
Ligne 1278, remplacer filter(NumDisp == disp_num) par filter(NumDisp == disp_num & Cycle == last_cycle) %>%
Dans le script ça donne ça :
<<TabContacts, fig.width = 17>>=
ListContact <-
Referents %>%
filter(NumDisp == disp_num) %>% => filter(NumDisp == disp_num & Cycle == last_cycle) %>%
- La legende du graphique composition est décalée (sens horaire pour le graph, anti horaire pour la legende)
Psdrf_BV.Rnw dans template, subsection composition :
Ligne 1174 remplacer par y = round(RatioCum - Ratio / 2, 3) par y = round(1- RatioCum + Ratio / 2, 3),
Dans le script ça donne ça :
geom_text(
Ess.m,
mapping = aes(
x = ifelse(variable == "Nha", 1, 2),
y = round(RatioCum - Ratio / 2, 3) => y = round(1- RatioCum + Ratio / 2, 3),
label = ifelse(
Ratio > 0.2,
ifelse(
variable == "Nha",
paste0(EssReg, " : ", round(Ratio, 3) * 100, " %"),
paste0(round(value, 0), " m3/ha")
),
""
)
)
- Dans psdrf_BM dans template, subsubsection{Ratio volume de bois mort / volume total} :
Lignes 556 et 557, remplacer
breaks = c(0, 10, 30, ifelse(max(t2$Classe, na.rm = T) > 50,
seq(50, max(t2$Classe, na.rm = T), 20), 50)),
par breaks =seq(0,max(t2$Classe, na.rm = T),20),
Dans le script ça donne ça :
En absolu
p1 <- ggplot() +
geom_bar(arrange(t2_abs, variable), mapping = aes(Classe, value, fill = variable), #, colour = variable
stat = 'identity', position = 'stack', alpha = 1) +
geom_hline(yintercept = Mean, colour = "blue", linetype = 2, size = 0.5) +
scale_x_continuous(expand = c(0, 0),
limits = c(0, max(t2$Classe+5, na.rm = T)),
# breaks = c(0, 10, 30, ifelse(max(t2$Classe, na.rm = T) > 50,
# seq(50, max(t2$Classe, na.rm = T), 20), 50)),
breaks =seq(0,max(t2$Classe, na.rm = T),20),
name = "Classes de diam\u00E8tre") +
Lignes 599 et 600 idem, remplacer
breaks = c(0, 10, 30, ifelse(max(t2$Classe, na.rm = T) > 50,
seq(50, max(t2$Classe, na.rm = T), 20), 50)),
par breaks =seq(0,max(t2$Classe, na.rm = T),20),
p2 <- ggplot() +
geom_bar(t2_rel, mapping = aes(Classe, value, fill = variable),
stat = 'identity', position = 'fill') +
geom_hline(yintercept = Ratio, colour = "blue", linetype = 2, size = 0.5) +
scale_x_continuous(expand = c(0, 0),
limits = c(0, max(t2$Classe, na.rm = T)+5),
#breaks = c(0, 10, 30, ifelse(max(t2$Classe, na.rm = T) > 50,
# seq(50, max(t2$Classe, na.rm = T), 20), 50)),
breaks =seq(0,max(t2$Classe, na.rm = T),20),
name = "Classes de diam\u00E8tre") +
- Les perches ne sont pas pris en compte dans les calculs de DMH
Dans psdrf_Calculs.R, dans script, section dendromicrohabitat :
ligne 2107 ajouter rbind(Perches) %>% après Arbres%>%
9/ dendromicohabitats
Codes <-
Arbres %>%
rbind(Perches) %>% # AJOUT
filter(
CodeEcolo != "" &
!is.na(NumDisp) & !is.na(NumPlac) &
!is.na(NumArbre) & !is.na(CodeEcolo)
) %>%
- Sur l’axe des abscisses d’un graphique DMH , les catégories sont mélangées, car pas mis en facteur
dans psdrf_CodeEco.rnw , chunk 8 :
Ligne 303 : ajout mutate(Cat = factor(Cat, levels = c("PER", "PB", "BM", "GB", "TGB"))) %>%
Dans le script ça donne ça :
t3 <-
t.m %>%
left_join(temp) %>%
mutate(Relatif2 = Nha / NhaTot) %>%
mutate(Cat = factor(Cat, levels = c("PER", "PB", "BM", "GB", "TGB"))) %>% #ajout
arrange(Note)
- Les valeurs des accroissements des perches n’apparaissent pas.
Dans psdrf_calculs.R dans script , partie 2.2/ Distinction des populations (prec, per, bmp)
Ligne 1609, commenter le mutate() :
Dans le script ça donne ça :
--- 2.2/ Distinction des populations (prec, per, bmp)
Perches
Perches <-
Arbres %>%
filter(Diam1 < 17.5 & is.na(Type)) #%>%
# mutate(
# AcctD = NA,
# AcctGper = NA,
# AcctVper = NA,
# AcctG = NA,
# AcctV = NA
# )
BMP
ET
Dans psdrf_calculs.R dans script , partie 2.3/ Calculs d'accroissement (précomptables)
Ligne 1622 Ajouter le calcul d’accroissement sur les perches
Dans le script ça donne ça :
--- 2.3/ Calculs d'accroissement (précomptables)
# DEBUT AJOUT
Perches <-
Perches %>%
calculs_acct_bv(last_cycle, Cycles) %>%
mutate(
AcctV = TauxV * Vha * AcctD,
AcctG = pi / 20000 * AcctD * Diam * Nha,
AcctG = ifelse(is.na(AcctG), 0, AcctG)
)
acct_per<-acct_bv
FIN AJOUT
Arbres <-
Arbres %>%
calculs_acct_bv(last_cycle, Cycles) %>%
mutate(
AcctV = TauxV * Vha * AcctD,
AcctG = pi / 20000 * AcctD * Diam * Nha,
AcctG = ifelse(is.na(AcctG), 0, AcctG)
)
ET
Dans psdrf_calculs.R dans script , partie 2.3/ Calculs d'accroissement (précomptables)
À la suite du calcul d’accroissement sur les arbres, rassembler acct arbres et acct perches
Dans le script ça donne ça :
Arbres <-
Arbres %>%
calculs_acct_bv(last_cycle, Cycles) %>%
mutate(
AcctV = TauxV * Vha * AcctD,
AcctG = pi / 20000 * AcctD * Diam * Nha,
AcctG = ifelse(is.na(AcctG), 0, AcctG)
)
acct_bv<- # AJOUT
acct_bv %>% # AJOUT
rbind(acct_per) # AJOUT
- Il n’y a pas de valeurs affichées sur l’axe des abscisses du graphique evolution/bois vivant/repartition en fonction des classes de diam.
Dans psdrf_evol_BV.Rnw (dans template), partie classe Evol
- ligne 118, remplacer « scale_x_discrete(breaks = seq(0, X, 20)) + » par :
scale_x_continuous(
name = "Classes de diam\u00E8tre",
limits = c(0, X+10),
breaks = seq(0, X+10, 20),
expand = c(0, 0)
)
Ce qui donne :
geom_text(
tab3,
mapping = aes(
x = X,
y = Y,
label = paste("Vha = ", unique(som), " m3")
),
size = 2.5
) +
labs(
x = "Classes de diam\u00E8tre",
y = "Volume \u00E0 l'hectare (m3/ha)"
) +
scale_x_continuous( # AJOUT # scale_x_discrete(breaks = seq(0, X, 20)) +
name = "Classes de diam\u00E8tre", # AJOUT
limits = c(0, X+10), # AJOUT
breaks = seq(0, X+10, 20), # AJOUT
expand = c(0, 0) # AJOUT
) +
scale_fill_manual(
values = c("grey80", "grey40"),
name = "Origine\nv\u00E9g\u00E9tative"
) +
facet_wrap(~Titre, ncol = 1) +
guides(fill = guide_legend(reverse = T))
- idem ligne 156, ce qui donne :
p2 <-
ggplot() +
geom_bar(
tab,
mapping = aes(
x = Classe,
y = Nha,
fill = Population
), stat = "identity"
) +
theme_bw() +
theme(
axis.text.x = element_text(size = 8),
axis.title.x = element_text(size = 9),
axis.text.y = element_text(size = 8),
axis.title.y = element_text(size = 9),
strip.text = element_text(
size = 7, colour = "lightsteelblue4", face = "bold"
),
strip.background = element_rect(fill = NA, colour = NA)
) +
labs(
x = "Classes de diam\u00E8tre",
y = "Densit\u00E9 de tiges \u00E0 l'hectare (tiges/ha)"
) +
scale_x_continuous( # AJOUT #scale_x_discrete(breaks = seq(0, X, 20)) +
name = "Classes de diam\u00E8tre", # AJOUT
limits = c(0, X+10), # AJOUT
breaks = seq(0, X+10, 20), # AJOUT
expand = c(0, 0) # AJOUT
) +
scale_fill_manual(values = c("grey80", "grey40"))+
facet_wrap(~Titre, ncol = 1)