gmxtools

scripts/programs/utilities/tools for GROMACS

Introduction

This is a collection of the tools I used for GROMACS. Hope it helps for you as well.

If you use one/some of the tools for your publication(s), I will appreciate if you cite the Zenodo DOI 10.5281/zenodo.6408973

名称 NAME	说明 INSTRUCTION	代码 CODE	示例 EXAMPLE
calc	在线计算兼单位换算器	calc gnuECharts	N/A
wvmd	自动调整VMD窗口的位置和大小	wvmd.zip	N/A
graphene	石墨烯：建模, 几何性质及力场模拟石墨烯在线创建工具创建周期性体系的拓扑文件：以石墨烯为例氧化石墨烯的结构与建模石墨烯平面的卷曲与扭曲	graphene	N/A
pipistack	Pi-Pi堆积距离和堆积角度的计算	pipistack.tcl pipistack_linalg.tcl	ph2.zip
fitmol	README	FitMol.f90	ch4.xyz ch4_ch3oh.xyz
xpm2all	xpm文件处理脚本 xpm2all: xpm文件转换工具使用xpm2all脚本计算蛋白二级结构演化及含量 xpm2all更新：二级结构绘制, 颜色方案	xpm2all.bsh xpm2rgb.bat	ss.xpm gibbs.xpm
gmx_mmpbsa	gmx_mmpbsa使用说明 gmx_mmpbsa脚本更新：屏蔽效应与熵贡献 gmx_mmpbsa脚本更新：清理整理输出 gmx_mmpbsa更新：修正原子半径bug, 改用AMBRR PB4, 丙氨酸扫描CAS	gmx_mmpbsa.bsh	1ebz.zip
gmx_ir	使用GROMACS计算红外光谱	gmx_ir.bsh	N/A
gmx_hbdat	GROMACS氢键分析工具hbond的使用及扩展使用gnuplot绘制氢键数据的平行轴图	gmx_hbdat.bsh	hbdat_1crn.zip
remd_tgenerator	副本交换动力学T-REMD模拟的温度分布计算器	remd_tgenerator	N/A
xff	力场拟合工具xff开发杂记	xff	c6h6.fchk sf6.FChk
cagen	水溶液体系成笼分析程序cagen	N/A	cagen.zip