Module GeoNature permettant de proposer un tableau de bord contenant plusieurs graphiques et cartes basés sur les données présentes dans la synthèse de GeoNature.

Développé par Elsa Guilley, stagiaire au Parc national des Ecrins en 2019.

Démo vidéo : https://geonature.fr/docs/img/2019-09-GN-dashboard-0.1.0.gif

Fonctionnalités :

• Nombre d'observations et de taxons par année
• Nombre d'observations et de taxons par zonage (communes, mailles...)
• Répartition des observations par rang taxonomique
• Nombre d'observations par cadre d'acquisition par année
• Taxons recontactés, non recontactés et nouveaux par année
• Filtres divers sur chaque élément

Présentation :

• Rapport de stage de Elsa Guilley : https://geonature.fr/documents/2019-09-rapport-stage-Elsa-Guilley-Dashboard-Validation.pdf
• Présentation de soutenance de stage de Elsa Guilley : https://geonature.fr/documents/2019-09-soutenance-stage-Elsa-Guilley-Dashboard-Validation.pptx

• Installez GeoNature (https://github.com/PnX-SI/GeoNature)
• Téléchargez la dernière version stable du module (wget https://github.com/PnX-SI/gn_module_dashboard/archive/X.Y.Z.zip ou en cliquant sur le bouton GitHub "Clone or download" de cette page) dans /home/myuser/
• Dézippez la dans /home/myuser/ (unzip X.Y.Z.zip)
• Renommer le répertoire mv gn_module_dashboard-X.Y.Z gn_module_dashboard
• Placez-vous dans le répertoire backend de GeoNature et lancez les commandes source venv/bin/activate puis geonature install-packaged-gn-module <chemin_vers_le_module> <module_code> pour installer le module (exemple geonature install-packaged-gn-module ~/gn_module_dashboard DASHBOARD)
• Complétez la configuration du module dans le fichier config/conf_gn_module.toml à partir des paramètres présents dans config/conf_gn_module.toml.example, dont vous pouvez surcoucher les valeurs par défaut. Relancez la mise à jour de la configuration depuis le répertoire geonature/backend avec les commandes source venv/bin/activate puis geonature update_module_configuration DASHBOARD
• Vous pouvez sortir du venv en lançant la commande deactivate
• Relancez GeoNature et rebuilder le front
  • sudo systemctl restart geonature
  • cd geonature/frontend
  • nvm use
  • npm run build

Un certain nombre de paramètres permettent de customiser le module en modifiant le fichier conf/conf_gn_module.toml (vous pouvez vous inspirer du fichier conf_gn_module.toml.example qui liste l'ensemble des paramètres disponibles et leurs valeurs par défaut) :

• Paramétrage du niveau de simplification des zonages sur la carte "Synthèse par entité géographique" : SIMPLIFY_LEVEL. Passer un nombre entier : plus cet entier est grand et plus la simplification est importante. Ce paramètre est nécessaire pour alléger le temps d'affichage des zonages.
• Paramétrage des zonages affichables sur la carte "Synthèse par entité géographique" : AREA_TYPE. Passer un tableau de type_code (table ref_geo.bib_areas_types). La première valeur de ce tableau sera la valeur utilisée par défaut pour le graphique de synthèse par entité géographique.
• Paramétrage du nombre de classes sur la carte "Synthèse par entité géographique" : NB_CLASS_OBS (mode 'nombre d'observations') et NB_CLASS_TAX (mode 'nombre de taxons').
• Paramétrage de l'affichage des graphiques du dashboard : DISPLAY_XXXX_GRAPH. Renseigner 'true' pour afficher le graphique en question et 'false' pour le masquer.
• Paramétrage par défaut du graphique "Synthèse par entité géographique" du dashboard : DISPLAY_NBOBS_LEGEND_BY_DEFAULT_IN_GEO_GRAPH Renseigner 'true' si vous souhaitez afficher par défault les observations, 'false' si vous souhaitez les taxons

Dans un souci de performance, des vues matérialisées ont été mises en place. Elles sont renseignées lors de l'installation du module. Il est nécessaire de rafraichir régulièrement ces vues matérialisées. Pour cela vous pouvez mettre en place un CRON pour l'automatisation de cette tâche.

Ouvrez le fichier /etc/cron/geonature s’il est existant, sinon créez le. Renseignez le commande geonature dashboard refresh-vm.

0 0 * * 0 <UTLIATEUR LINUX GEONATURE> <CHEMIN_VERS_GEONATURE>/backend/venv/bin/geonature dashboard geonature dashboard refresh-vm chiro
Exemple (exécuté tous les dimanches à 00h00):
0 0 * * 0 geonatadmin /home/geonatadmin/backend/venv/bin/geonature geonature dashboard refresh-vm chiro

Cette commande peut être effectuée à tout moment depuis l’environnement virtuel de GeoNature :

source backend/venv/bin/activate

Lancer la commande :

geonature dashboard refresh-vm

Cette commande utilise notamment la requête SQL suivante :

SELECT gn_dashboard.refresh_materialized_view_data();

• Téléchargez la nouvelle version du module

  wget https://github.com/PnX-SI/gn_module_dashboard/archive/X.Y.Z.zip
  unzip X.Y.Z.zip
  rm X.Y.Z.zip
  

• Renommez l'ancien et le nouveau répertoire

  mv /home/`whoami`/gn_module_dashboard /home/`whoami`/gn_module_dashboard_old
  mv /home/`whoami`/gn_module_dashboard-X.Y.Z /home/`whoami`/gn_module_dashboard
  

• Rapatriez le fichiers de configuration

  cp /home/`whoami`/gn_module_dashboard_old/config/conf_gn_module.toml /home/`whoami`/gn_module_dashboard/config/conf_gn_module.toml
  

• Réinstaller les librairies et relancer la compilation en mettant à jour la configuration

  cd /home/`whoami`/geonature/frontend
  npm install /home/`whoami`/gn_module_dashboard/frontend
  cd /home/`whoami`/geonature/backend
  source venv/bin/activate
  pip install -e ~/gn_module_dashboard/
  geonature update_module_configuration DASHBOARD
  sudo systemctl restart geonature
  cd ~/geonature/frontend
  nvm use
  npm run build
  

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