phyzhangyang / easyscan_hep Goto Github PK

测试

我不确定目前的版本运行时必须在bin下还是在任意目录都可以。需要改为在任意目录下运行都可以

如果用户提供的bin是非整数，转化为整数

目前constraint中只能接受高斯，按照说明书，也应该可以接受其他形式。至少要能接受像higgssignal这样的输出，既输出直接就是chi^2 或者likelihood

使用未定义变量时提供合理的报错信息

如果用户提供的ini文件中缺少一些块，比如[scan]， 报错并提示

This is a demonstration block of demostrate.ini used for executing ./bin/easyscan demonstrate.ini.

[scan parameter]
lambda, ...
Alambda, ...

[program]
Input parameters:
lambda,
Alambda,

If lambda is 2.0, it will lead to A2.0.
Therefore, this indicates a bug in Easyscan_HEP. But the solution now is that you could try,
[scan parameter]
lambda, ...
ALambda, ...

在每一个程序后面加一个可选的功能，比如起名叫"Limit"

[program2]
Program name: micromegas_4.3.5
Execute command: rm result.txt
./main data.par >log.txt
Command path: ../Externals/micromegas_4.3.5/spinX/
Input file: 1, ../Externals/micromegas_4.3.5/spinX/data.par
Input variable: ma, 1, Replace, ESma
lamda, 1, Replace, ESlamda
kappa, 1, Replace, ESkappa
Output file: 1, ../Externals/micromegas_4.3.5/spinX/result.txt
Output variable: omg, 1, Position, 1,1
Limit： Par['omg']<0.1199+0.012*2

Limit后面是一个可以运行的表达式，返回的值是true或者false。 如果是false的话就不往下运行了，这样可以节省运行时间。

比如现在在做的这个工作，这里的判断就可以写成 Par['mn1‘]<Par['stau1'] & Par['mn1']<Par['snu_tau']

运行外部软件时，删除对应的输出文件。原因是如果不删除，有可能该软件没有正确输出，也就是非物理点，但输出文件存在，就会被错误读取。
之前这个功能缺失，但是通过下面方法避免了
[program1]

Program name: susyhit-1.6

Execute command: rm susyhit_slha.out

              ./run

Command path: ../Externals/susyhit/

也就是当中的 rm susyhit_slha.out

保存的输出文件与输出变量可能不一致。有些参数点不能通过所有实验限制，不会保存到输出文件中，但已经运行过的程序产生的文件已经保存下来了，这就导致了最后不一致。

（不确定，需要check）目前只有在multinest模式下随机数种子有用其他模式没有用

高斯分布限制必要的参数定为3个，第四个参数默认值设为“对称”

如果某个程序的输入文件只有一行一列，那么会报错，问题在mainfun.py的559行

需要在结果文件中记录了每一项的chi2，以便查看各自贡献的大小。

目前输入模式中的line、position，是按照空格或者\t划分的。有些软件的输出中可能没有空格，而是用逗号划分的，所以要改为
如果有逗号按照逗号划分，没有逗号按照空格或者\t划分

目前，如果其中一个程序无法正确运行，或者没有产生正确的输出文件，那么判定该点为非物理的点。
出现这种点时要在屏幕上提醒用户。
将来可以添加一个功能，让用户选择是该点为非物理的点，还是正常的点。这个可以放到V2中完成

目前用python调用其他程序有两种方式，subprocess和os
有些程序不用通过subprocess或者os调用。所以两种方式都要提供，默认使用subprocess（或os），然后在[scan]中添加一个选择。

SLHA输入模式下，被改变的行前面没有空格。这样的输入文件在SUSYHIT中无法使用

使用 Ackley function 作为例子展示结果
https://en.wikipedia.org/wiki/Ackley_function
例如
https://github.com/kthohr/optim

参数的先验概率可以设置为fixed，即固定为一个数或者一组数，比如
mu, fixed, 1000
或
mu, fixed, [100, 150, 1000]

目前程序基本没有注射，需要添加注释

在做dampe工作时，要求暗物质和传播子的质量差小于5个GeV。
根据这个具体的需求，对程序要求有相应的功能。

有些地方应该判断是否出错，然后提醒用户。这个需要完善
比如 程序使用未定义量时要 报错

programX中的input参数，默认前面都有一个math，这样就不用特别说明了

目前constraint必须提供。但是对于一些扫描，constraint没有必要，要求用户随便设置一个不太好，还是改程序，把constraint改为可选的比较好

目前MCMC算法的屏幕输出比较好看，其他模式下的屏幕输出不好认，要改为和MCMC一样的屏幕输出。

目前输出变量里包含文件目录
既：如果保存文件，变量里就会有路径，这个是没有用的，要删掉

这个可以放到V2中完成

使用pandas储存数据

mcmc算法中，如果有大量的测试样本点超出参数范围，提醒用户参数范围可能设定不合理

关于扫描时得到的非物理点（不论何种扫描方式都有可能遇到）
处理方式：

1. 保留
2. 不保留
   如果保留：
   单独输出一个文件，只保留输入参数。（相应的ScanInf.txt也需要产生？）

另外，
对于我们加入Bound，例如Bound： mh > 123 and mh < 125。
不满足Bound的点，计入“unboundphysical points”（另外一个输入文件）

Is there a preferred citation for this tool? There appears to be no arXiv link and I notice others have cited https://arxiv.org/abs/1612.02296 .

Is it best to do something similar to

[#] Y. Zhang and L. Shang, EasyScan HEP, July, 2016. [Online] Available at: http://easyscanhep.hepforge.org.

现行版本有bug

添加一种Input variable功能：

Input variable: mu, 1, Replace, ES_mu
m1, 1, Replace, ES_m1
c, 1, Calculate, "par['m1']^2"

实现方法：
ss="par['mh1']^2"
cc="c"
eval("par["+cc+"]="+ss)

不确定是不是”par“

在图中直接反映出限制先后的样本点
在画图之前，判断要画图的数据是否是常数或者非数字，如果是，就跳过该图片并提醒用户

如果保存两个相同名称的文件，后保存的文件会覆盖前者。
可以给添加一个选项，为文件名

目前版本中只有Replace可以用，其他的处在问题。

主要是目前版本会把table改为空格，导致有些软件无法读取输入文件。

The --resume method does not work for onepoint batch mode.

因为ES不需要安装，但依赖一些库，所以在程序运行前，可以让ES先判断一下是否缺少库。这个可以放到V2中完成

对参数x y 进行扫描，在program里面什么都不干，只是复制文件，保证输出文件都一样。
[program1]
Bound: x, y, lower, utils/bound_wk.in
相当于是在x y平面上加了一条排除线。可是通过画图x y 感觉不是很对。
需要修改program.py 程序891 /893两行
par[ii[0]] 改为 par[ii[1]]

感觉是将y值跟y的限制值做比较
print('"%s=%f" v.s. "%s=%f" compare to the %s limit "%s=%f" by interplotion in "Bound" for program %s'%(ii[0], par[ii[0]], ii[1], par[ii[1]], ii[2].lower(), ii[1], yinter, self._ProgName))
输出
"x=103.714929" v.s. "y=9952.170002" compare to the lower limit "y=103.714929" by interplotion in "Bound" for program test

所以感觉是【par[ii[1]]】跟【par[jj[4]] = yinter】 进行比较

改之前和之后的图片

test.ini文件：
[scan]
Result file name: first-scan
Scan method: random
Points number: 1000
Input parameters: y, Flat, -10000, 10000
x, log, 1, 10000

Random seed: 2
Interval of print: 100

[program1]
Program name: test
Execute command: cp out.wk out

Command path: utils/
Input file:
Input variable:
Output file: 1, utils/out
Output variable: mh1, 1 , SLHA, BLOCK, MASS, 25

Bound: x, y, lower, utils/bound_wk.in

[constraint]
Gaussian: mh1, 125.0, 2.0

[plot]
scatter: x, y

out.wk文件
BLOCK MASS
25 123

bound_wk.in文件
-100 -100
10000 10000