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5.0 5.0 0.0 23.24 MB

Tool for similarity analysis of protein function annotations.

License: MIT License

Python 100.00%

bioinformatics bioinformatics-analysis nlp protein-annotation text-mining

unifunc's Introduction

Hi there 👋

I'm Pedro Queirós, and this is my GitHub profile.

I've worked on a few tools and smaller repos:

Mantis is a consensus-driven protein function annotation tool
UniFunc is a functional similarity analysis tool
UniFuncNet is a network annotation tool
Reference database generator is a repo that contains code for generating function annotation reference databases
Database mappers contains tools for mapping of some highly specific ID types

While I worked on a few different projects, my work is centered around data integration and how to complementarily use already available data to generate knowledge.

📫 How to reach me: Linkedin

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unifunc's Issues

[Feature Request] Have `unifunc cluster_function` default read from stdin if no input is provided

I'm working on implementing this into some pipelines and an option for reading from stdin would be really useful.

    def read_clustered_annotations(self):
        #this yields all clusters, one by one - less memory footprint
        #FILE NEEDS TO BE SORTED BY CLUSTER_ID
        if self.input_path is None:
                file = sys.stdin
        else:
                file = open(self.input_path)
        
            temp=[]
        
            for line in file.readlines():
                line=line.strip()
                line=line.split('\t')
                gene_id,cluster_id,annotation=line
                annotation=self.pre_process_annotations(annotation)
                if temp and cluster_id!=previous_cluster_id:
                    yield previous_cluster_id,temp
                    temp=[]
                temp.append([gene_id,annotation])
                previous_cluster_id=cluster_id
        if temp:
            yield previous_cluster_id,temp
        if file is not sys.stdin:
                file.close()

What are your thoughts?

How to run UniFunc?

I'm not sure how to run UniFunc. There is no executable called UniFunc. I fixed the syntax error in the setup.py but when I do that, it still doesn't put UniFunc in my path.

Can you create a new environment and make sure none of the steps are missing?

Downloading it from GitHub

(base) jespinoz@jespinozlt2-osx ~ % git clone https://github.com/PedroMTQ/UniFunc/
Cloning into 'UniFunc'...
remote: Enumerating objects: 145, done.
remote: Counting objects: 100% (145/145), done.
remote: Compressing objects: 100% (102/102), done.
remote: Total 145 (delta 64), reused 116 (delta 39), pack-reused 0
Receiving objects: 100% (145/145), 22.43 MiB | 5.16 MiB/s, done.
Resolving deltas: 100% (64/64), done.
(base) jespinoz@jespinozlt2-osx ~ % cd UniFunc
(base) jespinoz@jespinozlt2-osx UniFunc % ls
Images		LICENSE		README.md	Resources	Workflows	__main__.py	conda-recipe	pyproject.toml	setup.py	source.py	unifunc_env.yml

Creating the conda environment

(base) jespinoz@jespinozlt2-osx UniFunc % conda env create -f unifunc_env.yml -n unifunc_env
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: done


==> WARNING: A newer version of conda exists. <==
  current version: 4.10.3
  latest version: 4.11.0

Please update conda by running

    $ conda update -n base conda



Downloading and Extracting Packages
requests-2.24.0      | 54 KB     | ############################################################################################################################################################################################################# | 100%
xz-5.2.5             | 282 KB    | ############################################################################################################################################################################################################# | 100%
openssl-1.1.1h       | 3.4 MB    | ############################################################################################################################################################################################################# | 100%
ca-certificates-2020 | 127 KB    | ############################################################################################################################################################################################################# | 100%
readline-8.0         | 397 KB    | ############################################################################################################################################################################################################# | 100%
setuptools-50.3.0    | 939 KB    | ############################################################################################################################################################################################################# | 100%
blas-1.0             | 5 KB      | ############################################################################################################################################################################################################# | 100%
pysocks-1.7.1        | 27 KB     | ############################################################################################################################################################################################################# | 100%
sqlite-3.33.0        | 2.5 MB    | ############################################################################################################################################################################################################# | 100%
urllib3-1.25.11      | 93 KB     | ############################################################################################################################################################################################################# | 100%
python-3.8.5         | 25.1 MB   | ############################################################################################################################################################################################################# | 100%
pyopenssl-19.1.0     | 47 KB     | ############################################################################################################################################################################################################# | 100%
six-1.15.0           | 13 KB     | ############################################################################################################################################################################################################# | 100%
ncurses-6.2          | 1016 KB   | ############################################################################################################################################################################################################# | 100%
libffi-3.3           | 48 KB     | ############################################################################################################################################################################################################# | 100%
wheel-0.35.1         | 36 KB     | ############################################################################################################################################################################################################# | 100%
pycparser-2.20       | 94 KB     | ############################################################################################################################################################################################################# | 100%
brotlipy-0.7.0       | 357 KB    | ############################################################################################################################################################################################################# | 100%
intel-openmp-2020.2  | 1.2 MB    | ############################################################################################################################################################################################################# | 100%
cffi-1.14.3          | 219 KB    | ############################################################################################################################################################################################################# | 100%
mkl_fft-1.2.0        | 162 KB    | ############################################################################################################################################################################################################# | 100%
chardet-3.0.4        | 170 KB    | ############################################################################################################################################################################################################# | 100%
certifi-2020.6.20    | 159 KB    | ############################################################################################################################################################################################################# | 100%
cryptography-3.1.1   | 604 KB    | ############################################################################################################################################################################################################# | 100%
tqdm-4.50.2          | 55 KB     | ############################################################################################################################################################################################################# | 100%
libedit-3.1.20191231 | 102 KB    | ############################################################################################################################################################################################################# | 100%
tk-8.6.10            | 3.3 MB    | ############################################################################################################################################################################################################# | 100%
idna-2.10            | 56 KB     | ############################################################################################################################################################################################################# | 100%
nltk-3.5             | 1.1 MB    | ############################################################################################################################################################################################################# | 100%
joblib-0.17.0        | 205 KB    | ############################################################################################################################################################################################################# | 100%
zlib-1.2.11          | 105 KB    | ############################################################################################################################################################################################################# | 100%
click-7.1.2          | 67 KB     | ############################################################################################################################################################################################################# | 100%
mkl-service-2.3.0    | 46 KB     | ############################################################################################################################################################################################################# | 100%
numpy-base-1.19.1    | 5.1 MB    | ############################################################################################################################################################################################################# | 100%
mkl_random-1.1.1     | 337 KB    | ############################################################################################################################################################################################################# | 100%
mkl-2019.4           | 155.2 MB  | ############################################################################################################################################################################################################# | 100%
libcxx-10.0.0        | 1.0 MB    | ############################################################################################################################################################################################################# | 100%
regex-2020.10.15     | 349 KB    | ############################################################################################################################################################################################################# | 100%
numpy-1.19.1         | 20 KB     | ############################################################################################################################################################################################################# | 100%
pip-20.2.4           | 2.0 MB    | ############################################################################################################################################################################################################# | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
#
# To activate this environment, use
#
#     $ conda activate unifunc_env
#
# To deactivate an active environment, use
#
#     $ conda deactivate

(base) jespinoz@jespinozlt2-osx UniFunc % conda activate unifunc_env

Python version

(unifunc_env) jespinoz@jespinozlt2-osx UniFunc % which python
/Users/jespinoz/anaconda3/envs/unifunc_env/bin/python
(unifunc_env) jespinoz@jespinozlt2-osx UniFunc % python --version
Python 3.8.5

Tried the setup script

(unifunc_env) jespinoz@jespinozlt2-osx UniFunc % python setup.py install
  File "setup.py", line 21
    install_requires=['nltk','numpy','python>=3.6','requests']
    ^
SyntaxError: invalid syntax

Tried the suggested command:

(unifunc_env) jespinoz@jespinozlt2-osx UniFunc % python UniFunc -h
python: can't open file 'UniFunc': [Errno 2] No such file or directory
(unifunc_env) jespinoz@jespinozlt2-osx UniFunc % python __main__.py -h
Traceback (most recent call last):
  File "__main__.py", line 6, in <module>
    from UniFunc import run_unifunc,run_example
ModuleNotFoundError: No module named 'UniFunc'

TypeError: _pos_tag() got an unexpected keyword argument 'lang'

Apologies for all of the issues as of late. I had trouble running the conda installation:

Here's my conda environment

(unifunc_env) -bash-4.2$ conda list
# packages in environment at /usr/local/devel/ANNOTATION/jespinoz/anaconda3/envs/unifunc_env:
#
# Name                    Version                   Build  Channel
_libgcc_mutex             0.1                 conda_forge    conda-forge
_openmp_mutex             4.5                       1_gnu    conda-forge
ca-certificates           2021.10.8            ha878542_0    conda-forge
certifi                   2016.9.26                py36_0    conda-forge
ld_impl_linux-64          2.36.1               hea4e1c9_2    conda-forge
libblas                   3.9.0           12_linux64_openblas    conda-forge
libcblas                  3.9.0           12_linux64_openblas    conda-forge
libffi                    3.4.2                h7f98852_5    conda-forge
libgcc-ng                 11.2.0              h1d223b6_11    conda-forge
libgfortran-ng            11.2.0              h69a702a_11    conda-forge
libgfortran5              11.2.0              h5c6108e_11    conda-forge
libgomp                   11.2.0              h1d223b6_11    conda-forge
liblapack                 3.9.0           12_linux64_openblas    conda-forge
libnsl                    2.0.0                h7f98852_0    conda-forge
libopenblas               0.3.18          pthreads_h8fe5266_0    conda-forge
libstdcxx-ng              11.2.0              he4da1e4_11    conda-forge
libzlib                   1.2.11            h36c2ea0_1013    conda-forge
ncurses                   6.2                  h58526e2_4    conda-forge
nltk                      3.2.4                    py36_0    conda-forge
numpy                     1.19.5           py36hfc0c790_2    conda-forge
openssl                   1.1.1l               h7f98852_0    conda-forge
pip                       21.3.1             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
python                    3.6.15          hb7a2778_0_cpython    conda-forge
python_abi                3.6                     2_cp36m    conda-forge
readline                  8.1                  h46c0cb4_0    conda-forge
requests                  2.12.5                   py36_0    conda-forge
setuptools                49.6.0           py36h5fab9bb_3    conda-forge
six                       1.16.0             pyh6c4a22f_0    conda-forge
sqlite                    3.37.0               h9cd32fc_0    conda-forge
tk                        8.6.11               h27826a3_1    conda-forge
unifunc                   1.3.4              pyhd8ed1ab_0    conda-forge
wheel                     0.37.1             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
xz                        5.2.5                h516909a_1    conda-forge
zlib                      1.2.11            h36c2ea0_1013    conda-forge

Here's my sample command:

(unifunc_env) -bash-4.2$ unifunc cluster_function -i sample.tsv -o unifunc_output/ -kh
Traceback (most recent call last):
  File "/usr/local/devel/ANNOTATION/jespinoz/anaconda3/envs/unifunc_env/bin/unifunc", line 10, in <module>
    sys.exit(main())
  File "/usr/local/devel/ANNOTATION/jespinoz/anaconda3/envs/unifunc_env/lib/python3.6/site-packages/unifunc/__main__.py", line 84, in main
    argv_cluster_representative_function()
  File "/usr/local/devel/ANNOTATION/jespinoz/anaconda3/envs/unifunc_env/lib/python3.6/site-packages/unifunc/__main__.py", line 73, in argv_cluster_representative_function
    output_without_representative=output_without_representative,
  File "/usr/local/devel/ANNOTATION/jespinoz/anaconda3/envs/unifunc_env/lib/python3.6/site-packages/Workflows/Representative_function/Cluster_Representative_Function.py", line 27, in __init__
    self.unifunc = source.UniFunc()
  File "/usr/local/devel/ANNOTATION/jespinoz/anaconda3/envs/unifunc_env/lib/python3.6/site-packages/unifunc/source.py", line 1062, in __init__
    self.wordnet_tagger = WordNetTagger(go_terms=self.go_terms, perceptron_tagger=self.tagger)
  File "/usr/local/devel/ANNOTATION/jespinoz/anaconda3/envs/unifunc_env/lib/python3.6/site-packages/unifunc/source.py", line 732, in __init__
    if self.tag_tokens_perceptron([g]) not in ['ADP','CONJ','DET','PRON','PRT']:
  File "/usr/local/devel/ANNOTATION/jespinoz/anaconda3/envs/unifunc_env/lib/python3.6/site-packages/unifunc/source.py", line 740, in tag_tokens_perceptron
    return _pos_tag(tokens, tagset='universal', tagger=self.perceptron_tagger,lang='eng')
TypeError: _pos_tag() got an unexpected keyword argument 'lang'

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