application.ini には

;
; 各種ログ設定
;
; Fluentを使用する場合、writerを "Zend_Log_Writer_Stream" に設定して下さい
; formatterは必ずCommon_Log_Formatter_EncryptedJsonにして下さい
; td-agent.confの type tail のpathで指定した値と同じにして下さい

という記述がありますが、
Common_Log_Formatter_EncryptedJson
に必要な設定(下記)の記述が存在しません。

; ログ暗号化
log.common.encryption.cipher = "MCRYPT_RIJNDAEL_256"
log.common.encryption.key = "暗号化キー"
log.common.encryption.mode = "MCRYPT_MODE_CBC"

「Common_Log_Formatter_EncryptedJson」ログフォーマッタは、
経路暗号化されていない環境でログ転送する際の防御策として用意したフォーマッタです。
復号の方法も特に指示がなく、現状ママでは利用者に誤解と遠回りを強いてしまうため、
いっそ Common_Log_Formatter_EncryptedJson の例示は削除するなど、
application.ini の記述内容は再考したほうがいいと思います。