鸟中基因的排列顺序总体为 UBE2R2,UBAP2,FOCAD,HACD4,MTAP,TBC1D2,MOB3B,其中 FOCAD/HACD4 旁总有一个干扰素,余下的干扰素分布情况见下表:
UBE2R2/UBAP2 旁 | MTAP/TBC1D2/MOB3B 旁 | 两者皆有 | 两者皆无 |
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绿头鸭,凤头潜鸭,黑天鹅,红原鸡,白尾雷鸟,艾草松鸡,普通火鸡,普通珠鸡,金雕,褐头牛鹂,斑胸草雀,十姊妹,蓝山雀,斯文森的鸫,白领姬鹟,白鹡鸰,鸮鹦鹉 | 朱红蜂鸟,烟囱刺尾雨燕,尖尾娇鹟 | 鹅,短嘴鸦,小树雀 | 智利斑䳍,白喉䳍,疣鼻天鹅,棕硬尾鸭,鹌鹑,卡罗莱纳夜鹰,欧亚大山雀,新喀鸦,关岛乌鸦,冠小嘴乌鸦 |
平胸总目 MTAP 与 HACD4 的距离相对较近,未列入此表。
斑胸草雀,十姊妹,新喀鸦,冠小嘴乌鸦,白鹡鸰 HACD4 不位于 UBE2R2 与 MTAP 之间。
小树雀缺失 HACD4。
修改了Heatmap的筛选逻辑,更有利于发现特异基因。
调整Chromosome的显示效果,缩小单项高度增加单页显示数量,额外缩小非interferon高度增加区分度。
将Heatmap从reactecharts换成原生echarts,希望解决意料外的组件自动刷新。
Chromosome界面的搜索栏支持autocomplete自动补全
Difference界面的tooltip提示信息支持复制。禁用datazoom insider,缩放只能由下方slider滑块进行控制,而不再能由滚轮控制,以免与页面滚动冲突。
修复关岛乌鸦基因组误用为小树雀基因组的错误。
基于并查集与动态规划实现区块划分与多序列对齐算法。
Chromosome添加interferon两旁基因显示,添加氨基酸长度显示,添加更多鳄鱼,更多雀形目。
改变Heatmap中identity的计算方式,引入打分机制,对gap进行额外扣分,仅计算高得分区域的identity,这将一定程度上解决长度差异导致的identity偏高现象。但要注意较短区间(比如个位数个氨基酸)仍可能是最高得分,但它们的高identity意义较小,因此需要优化算法使得选择的区间长度不少于一定值。
Align界面。预计分为基因序列对齐和氨基酸序列对齐。部分基因序列长度较长,单次比对耗时较久,可能仅支持双序列比较。氨基酸序列相对较短,可以支持多序列比对,但算法有待优化。
确认某一物种基因组是否确实缺失特定位置的基因,可以尝试比对该位置序列和相近物种的差异。
悬浮于节点上可以高亮该节点与所有子节点。点击节点可以收缩/扩展子节点。
上方菜单可以筛选不同“长度”与位点的基因集合。长度指从特定基因(HACD4等菜单中所列基因以及干扰素相关基因)向两边扩展的基因数量。同时为了对齐后的显示美观,我们将把在列表中仅有一个物种出现过的基因隐藏,仅显示至少有两个物种共同出现过的基因。图中红色表示I型干扰素基因,绿色表示注释中未出现interferon字样但出现在干扰素周围的基因,蓝色表示注释中出现interferon字样,但可能并不是I型干扰素(指注释中除了interferon外还包括regulator, gamma, receptor, response, induced, inducible, factor, stimulator, stimulated, lambda, pseudogene, LOW QUALITY字样的基因,这类基因在后续分析中也不会作为干扰素出现)。
于节点上悬浮会高亮显示同名基因,同时出现悬浮提示框,提示框包括外显子数量,蛋白产物,序列起始位置,提示框支持鼠标移入复制。
上方图例按基因出现次数降序排序,悬浮或点击图例可以高亮显示该基因。
因基因数量可能较多,单页面难以完整显示,因此限定默认单页基因显示上限为30,可以通过下方滚动轴调试显示区域与范围。
上方菜单第一栏可以筛选显示的染色体类型,NC仅显示有完整染色体的数据,NC与NW则显示所有数据。第二栏可以依据Tree页面的节点名称筛选出所有子节点,如输入鸟纲或Aves
即可显示所有鸟纲数据,并且支持以逗号分隔符(中英文逗号皆可)同时显示多类数据,如输入鸟纲,爬行动物
可以同时显示鸟纲与爬行动物的数据。支持自动补全,输入部分字符后下方将显示所有可能结果,点击下方结果、点击右方按钮或按enter触发搜索。
点击proteinHeatmap节点可跳转至对应的Align界面。