Считал 30 часов на своём компьютере, при реальных скоростях.
Посчиталось 0.016 секунды. За это время было совершено 6 осаждений моста, и одна его миграция.
Это всё заставляет задуматься об ускорении расчёта (видимо нужно параллелить операции анализа повехности), а также перепроверить все скорости (хотя бы проверить единицы измерения).

Серый - С
Жёлтый - CH
Зелёный - CH2
Розовый - _C
Голубой - *CH
Красный - *_C
Синий - HС--
Оранжевый - *C--
Серо-белый - \С--
Чёрный - Ошибка

Оно выходит на стабильное состояние, примерно к 400й итерации, если 8х8.
Стабильное состояние выглядит шахматным порядком. Об этом говорилось в статье Нетто и Френклача... Сейчас все реакции осуществляются?
Нужно где-то выписать какой цвет - какое состояние карбона.

Таки ты так и не запилил установку значений, используемых в реакциях, через конфигурационный файл.
Может быть самое время?
Когда можно будет задавать значения через конфигурационный файл, можно будет запускать сразу несколько расчётов, с разными входными данными, например на кластере.. ;)