Giter Club home page Giter Club logo

running-mpi-inside-cluster-for-hpc's Introduction

lsc-projekt

Sposób uruchomienia na Zeusie (bez Singularity, tylko MPI):

srun -n=10 -p plgrid-testing -t 20:00 --pty /bin/bash

module add plgrid/tools/impi

mpicc main.c -o main -lm

mpiexec -np 10 ./main

Sposób zbudowania obrazu

W klatalogu znajduje się plik singularity.def. Aby zbudować z nego plik .sif, służący do uruchamiania kontenera należy użyć polecenia:

singularity build singularity.sif singularity.def

Sposób uruchomienia na Prometeuszu

Prometeusz ma moduł z Singularity, który można załadować i wykorzystać. Przykłądowy skrypt jest wrzucony jako run_slurm.sh (należy zmienić odpowiednio parametry).

srun -n=10 -p plgrid-testing -t 20:00 --pty /bin/bash

module add plgrid/tools/singularity/stable
module add plgrid/tools/mpich

mpicc main.c -o main -lm

mpirun singularity exec singularity.sif /opt/main

Sposób uruchomienia na AWSie

Do uruchomienia na AWSie użyty został Parallel Cluster. Aby z niego korzystaćnależy pobrać i skonfiguurować AWS CLI oraz AWS ParallelCluster CLI. Nastpnie wyrać następujące komendy:

pclusteer configure                       // konfiguracja klastra: należy wybrć odpoiwedni region, typ maszyny, ilość węzłów oraz automatyczne tworzenie VPC

pcluster create lsc_cl                    // tworzenie klastra

pcluster ssh lsc_cl -i <plik .pem z kluczem>        // łączenie się do klastra (user view)

Następnie należy zainstalować Singularity, roces jest przedstawiony w tym artykule: https://qywu.github.io/2020/12/09/aws-slumr-pytorch.html.

Program napisany w MPI można uruchamiać identycznie jak na Promteuszu.

Recommend Projects

  • React photo React

    A declarative, efficient, and flexible JavaScript library for building user interfaces.

  • Vue.js photo Vue.js

    🖖 Vue.js is a progressive, incrementally-adoptable JavaScript framework for building UI on the web.

  • Typescript photo Typescript

    TypeScript is a superset of JavaScript that compiles to clean JavaScript output.

  • TensorFlow photo TensorFlow

    An Open Source Machine Learning Framework for Everyone

  • Django photo Django

    The Web framework for perfectionists with deadlines.

  • D3 photo D3

    Bring data to life with SVG, Canvas and HTML. 📊📈🎉

Recommend Topics

  • javascript

    JavaScript (JS) is a lightweight interpreted programming language with first-class functions.

  • web

    Some thing interesting about web. New door for the world.

  • server

    A server is a program made to process requests and deliver data to clients.

  • Machine learning

    Machine learning is a way of modeling and interpreting data that allows a piece of software to respond intelligently.

  • Game

    Some thing interesting about game, make everyone happy.

Recommend Org

  • Facebook photo Facebook

    We are working to build community through open source technology. NB: members must have two-factor auth.

  • Microsoft photo Microsoft

    Open source projects and samples from Microsoft.

  • Google photo Google

    Google ❤️ Open Source for everyone.

  • D3 photo D3

    Data-Driven Documents codes.