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jimouse / genetree Goto Github PK

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8.0 2.0 1.0 4.62 MB

Integrated tool to build efficiently a genetic pedigree, a boadicea file and generate the corresponding clinical story [english/french]. Outil intégré pour construire efficacement un pedigree génétique, un fichier boadicea et générer l'histoire clinique correspondante. Disponible en français et en anglais.

Home Page: https://jimouse.github.io/GeneTree/

License: GNU General Public License v3.0

JavaScript 82.96% CSS 0.51% HTML 4.85% Less 5.80% SCSS 5.88%
genetics pedigree clinical web-application tree genealogy genealogical-trees

genetree's Introduction

GeneTree

This work is an integrate tool to help clinical geneticist, especially french-speaking. It also has a special mode for oncologic consultation and one HPO-based. It is based on pedigreejs and handsontable javascript modules to allow fast pedigree construction. Familly can be loaded (JSON or BOADICEA files) or created from standard or custom structure and then completed through a table or an graphic interconnected interface. Numerous export files are also implemented (TSV, JSON, PED, BOADICEA). Finally, one of the core feature is the automatic text generation based on the table content.

Cette application est un outil intégré pour aider les généticiens cliniciens dans le cadre de leur consultation, notamment francophones. Il dispose également d'un mode spécial pour la consultation d'oncogénétique ainsi qu'un se basant sur les phénotypes HPO. Il est basé sur pedigreejs et handsontables pour permettre une construction rapide d'un arbre généalogique. La famille peut être chargée (fichiers JSON ou BOADICEA) ou créée à partir d'une structure standard ou personnalisée, puis complétée via un tableau ou une interface graphique, tout deux interconnectées. L'arbre est exportable dans plusieurs format de fichiers (TSV, JSON, PED, BOADICEA). Enfin, cette application permet la génération automatique de texte basée sur le contenu du tableau.

Based on

Pedigreejs : https://ccge-boadicea.github.io/pedigreejs/ Handsontable : https://github.com/handsontable/handsontable HPO : https://github.com/drseb/HPO-translations

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genetree's Issues

Ajout d'une section installation dans le Readme.md

Bonjour,

Je voulais installer le logiciel en local pour effectuer du développement mais je manque quelques informations pour compléter l'installation.

Le premier point sur lequel j'ai été coincé a été l'ajout de pedigreejs à mes packages, j'ai fini par trouver la commande :
npm install https://github.com/CCGE-BOADICEA/pedigreejs

Et le second point sur lequel je bloque c'est comment démarrer l'application GeneTree en local. Mais je n'ai pas trouvé de solution pour ce point.

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