1. Install CycleCloud CLI

These applications is installed automatically.

1. BWA
2. SAMTOOLS
3. htslib
4. GATK
5. Cromwell
6. Slurm
7. Docker, Singularity

1. tar zxvf cyclecloud-genomicswfe.tar.gz
2. cd cyclecloud-genomicswfe
3. Rewrite "Files" attribute for your binariy in "project.ini" file.
4. run "cyclecloud project upload azure-storage" for uploading template to CycleCloud
5. "cyclecloud import_template -f templates/genomicswfe.txt" for register this template to your CycleCloud

1. Download your sample
2. Create batch script
3. Submit the job. "sbatch -c 44 -n 1 run.sh" (for example, HC44rs 1 node)

Sample Submit Script (run.sh) for bwa mem. (without WDL)

CORE=44
time ~/apps/bwa-0.7.17/bwa mem -t $CORE -R  ~/apps/ucsc.hg19 ~/apps/GENOMICS_randomreads_R1.fastq ~/apps/GENOMICS_randomreads_R2.fastq > ~/apps/GENOMICS_randomreads.sam

Azure CycleCloud はMicrosoft Azure上で簡単にCAE/HPC/Deep Learning用のクラスタ環境を構築できるソリューションです。

Azure CyceCloudのインストールに関しては、こちら のドキュメントを参照してください。

ゲノミクス向けパイプラインアプリケーションのテンプレートになっています。 以下の構成、特徴を持っています。

1. OSS PBS ProジョブスケジューラをMasterノードにインストール
2. H16r, H16r_Promo, HC44rs, HB60rsを想定したテンプレート、イメージ - OpenLogic CentOS 7.6 HPC を利用
3. Masterノードに512GB * 2 のNFSストレージサーバを搭載 - Executeノード（計算ノード）からNFSをマウント
4. MasterノードのIPアドレスを固定設定 - 一旦停止後、再度起動した場合にアクセスする先のIPアドレスが変更されない

テンプレートインストール方法

前提条件: テンプレートを利用するためには、Azure CycleCloud CLIのインストールと設定が必要です。詳しくは、 こちら の文書からインストールと展開されたAzure CycleCloudサーバのFQDNの設定が必要です。

1. テンプレート本体をダウンロード
2. 展開、ディレクトリ移動
3. cyclecloudコマンドラインからテンプレートインストール
   • tar zxvf cyclecloud-genomicswfe.tar.gz
   • cd cyclecloud-genomicswfe
   • cyclecloud project upload azure-storage
   • cyclecloud import_template -f templates/genomicswfe.txt
4. 削除したい場合、 cyclecloud delete_template genomicswfe コマンドで削除可能

Copyright Hiroshi Tanaka, [email protected], @hirtanak All rights reserved. Use of this source code is governed by MIT license that can be found in the LICENSE file.