arieltorti / ecm-frontendserver Goto Github PK

Para cualquier modelo que elija el usuario, además de generarse el gráfico de las curvas y el csv, hay 3 variables que deberían calcularse a partir del csv:

1- Número de infectados en el pico
2- Tiempo del pico de infectados
3- Número de infectados totales

1-
El número de infectados en el pico corresponde al mayor valor calculado para el compartimento I durante toda la simulación. Para los modelos donde cada compartimento (S, E, I, R) está separado en 2 (SIR-HL, SIR-HLalfa, SEIR-HL, SEIR-HLalfa) o en 5 sub-poblaciones (SEIR-5G), esta variable debe obtenerse de la columna suma I

Ejemplo con SEIR-5G:

2-
El tiempo del pico de infectados es el tiempo que corresponde al número de infectados en el pico

Ejemplo con SEIR-5G:

3-
El número de infectados totales puede obtenerse como el mayor valor que alcanza R durante toda la simulación. Como R aumenta asintóticamente, tomemos como punto de corte el tiempo en que I llega a ser menor a 0,5.

Ejemplo con SEIR-5G:

OUTPUT:
Las tres variables pueden presentarse en un cuadro con un formato como el siguiente (redondear a números enteros):

Ejemplo con SEIR-5G:

CONSIDERACIONES:

• Es posible que para algunas simulaciones, dependiendo de los parámetros y condiciones iniciales, no haya un pico de infectados, sino que I descienda monótonamente a partir del valor inicial. En ese caso esto debería reflejarse en el output de la siguiente manera:

• Si el usuario elige una duración muy corta para la simulación, de manera que la epidemia no llegue a terminar, las variables calculadas no van a tener sentido. Por ahora podemos dejar que el usuario se dé cuenta solo al mirar el gráfico, o agregar una advertencia como "Verifique en el gráfico que el tiempo de la simulación haya sido suficiente"
  

Page will get messy if there are too many parameters.

La idea es que el contenido del adjunto aparezca colgado en la página debajo de la parte de autores, programadores, etc.
borrador.de.instructivo.1.docx

[9:01, 20/5/2020] Daniel Gutson: En la respuesta de Daniel hay un nuevo feature request: la capacidad de agregar curvas que no participan de las ecuaciones diferenciales, sino que son en funcion de lo que se calcula, por ejemplo lo que él pide. Algo así como extra_graphs: "S+I" o algo así
[9:01, 20/5/2020] Daniel Gutson: (extra_graphs sería un array de expresiones)

Cuando terminemos de armar los textos con Dani R los pongo acá.

This should affect both the page graph and the generated video as well

a703f430-7d24-4783-8fff-d6ce4c02fb29.zip

README, Credits, licence, MANTAINERS, contributing. etc

El usuario no debería ingresar el número total de individuos por grupo en "Params" (Ng1, Ng2, ...), porque ya los ingresó indirectamente en "Initial conditions" (Ng1 = Sg1 + Eg1 + Eg1 + Rg1, Ng2 = Sg2 + Eg2 + Eg2 + Rg2, ...).

En "Params sólo deberían estar p, gama, sigma y los números de contacto por grupo (Cg1, Cg2, ...)

vokoscreen-2020-04-29_19-28-21.zip

Habría que agregar una "solapa" que contenga la siguiente hoja de cálculo (implementada de la manera más conveniente):

Calculadora Ro.xlsx

La idea es que el usuario sólo pueda ingresar números en las celdas que figuran en blanco. Los valores por default sean cero.

Esta hoja de cálculo debería ser independiente de la elección de modelos, por ejemplo, podría accederse como en la siguiente imagen:

If disabled, don't show the slider and play button

Please provide some error message.

Modelo SEIR con 𝑛 subpoblaciones, 𝜆𝑖 es la fuerza de infección para los susceptibles de la subpoblación 𝑖 (𝑆𝑖), que es la sumatoria de 𝜆𝑖𝑗, las fuerzas de infección para 𝑆𝑖 con los infectados de cada subpoblación 𝑗. A su vez 𝜆𝑖𝑗 es el producto de la tasa de contactos efectivos (𝛽𝑖𝑗, que es a su vez el producto de la tasa de contactos 𝑐𝑖𝑗 y la probabilidad de transmisión por contacto 𝑝𝑖𝑗) y la proporción de infectados 𝑗 en la población. 𝑃 y 𝐶 son las matrices de probabilidades de transmisión y de tasas de contacto, respectivamente. Ambas matrices son simétricas (𝑝𝑖𝑗 = 𝑝𝑗𝑖 y 𝑐𝑖𝑗 = 𝑐𝑗𝑖).

En el caso de 𝑛=2, sería un SEIR-HL con matriz de contacto, y en caso 𝑛=5, sería un SEIR-5G con matriz de contacto.

El input del usuario sería el mismo que en el SEIR-HL y SEIR-5G ya implementados pero en lugar de dar un valor único de 𝑝 debe llenar una matriz de probabilidades de transmisión (𝑃) y en lugar de dar un único valor de 𝑐 para cada subpoblación, debe llenar una matriz de tasas de contactos (𝐶).

Please disable it and, if possible, show an hourglass icon meanwhile.
The fact that a user can click many times Simulate while simulating is a breaking bug.

Además de la calculadora de R0 ya implementada, agregar para el modelo SEIR-5G el cálculo automático del R0 mediante el método de la matriz de siguiente generación, que es más exacto.

Adjunto los papers originales de Diekmann.pdf y van den Driessche.pdf, donde se desarrolla el método, y otro paper (del Valle.pdf) donde se aplica el método a un modelo en particular.

Currently, when the simulation ends is positioned in the last frame.

Tanto en los Nc como en los c1-c6 se redondea automáticamente, se usen comas o puntos.

The graphic should be positioned at frame 1 after simulation.