左右のペインで、Database画面の様に、各画像レコードに対して、Viewer（画像プレビュー）を表示させたい

データテーブルのソート機能が未実装。実装する。

■タスク

• FrontEndでのソート・フィルタ実装の検討
  • 前提条件
    • ページングは不要（無限のスクロールでOK）
• FrontEndでソート・フィルタを実装した場合の、性能検証
  • テスト条件
    • データテーブルのある各画面で、表示やソートの処理時間に、1秒/5秒 を要するデータ件数を確認する

アカウントのデータ項目（Role）について、以下の仕様調整の反映をお願いしたいと思います。

• DBのカラムのタイプをNumberとする。 また、Role名称を変更する。

  • 以下 設定内容
    1. "Admin" (Code:1) ※管理者
    2. "Data Manager" (Code:10) ※データ取得者（データ管理者）
    3. "User" (Code:20) ※解析実行者

• 補足

  • DB上はNumberで保有する。名称はプログラム or DB のどちらで保有する形でもOK。

• TreeとListの切り替えはのリンクは、「Tree / List」としてください。（「Tree / Image」となっている）
• Subject, Session, へテストデータを設定してください。

BackEnd API向けの、Firebaseユーザー認証情報の受け渡しのサンプルコードを作成する。
※BackEnd API の開発者（外部）へ、サンプルコードを提供する目的。

• 想定作成物
  • サンプルコード
    • FrontEndからBackEndへのユーザー認証情報のデータ送信のサンプル
      • ※HTTPヘッダに認証情報を載せることを想定しますが（JWT等）、実装方式についてご提案をお願いしたく思います。
    • BackEnd でのユーザー認証情報の取得（パース）処理のサンプル
      • 受け渡すユーザー情報は、以下を想定。
        • ユーザーID、所属(Lab)、ユーザー名(Name)、権限(Role)
        • ※ユーザーIDの書式について、情報提供をお願いします。
  • 独自簡易Tokenの実装

課題

• 1. Firebase Token処理の復元
  • 5/23の修正で、認証モジュール（deps.pyなど）から、それまで組み込まれていた Firebase Token処理が、削除されている様です。
  • 独自tokenは、以下で記載しているように暫定機能のため、Firebase Token処理のコードは残しておいていただきたいと思います。
    • #51 (comment)
  • deps.py 内の token検査処理は、フラグ変数の切り替えで、Firebase token OR 独自token を切り替えられるようにしておいていただければと思います。

3/18版で、TreeView と ListView の画面で、画像レコードを選択しても、Viewerが表示されない事象が発生している。

■備考

• 事象は、#35 に記載の内容に同様（何もない画面が表示される）
• ブラウザキャッシュをクリアしても、事象は発生する。

以下と同内容の修正を適用する。

• oist#438

• 対応内容
  • 関連issue oist#404 と同様の内容を適用
    • ただし当システム（MRI Analysis Studio）では、多くのAPIは未使用であるため、実行時エラー（大半はパス指定の修正）が解消されればOK.（テストケースの追加は不要）

現行optinistのWorkflowのRUN CANCEL処理は、FrontEndで完結した動作（BackEndへ終了通知が投げられていない）となっている。
シングルユーザー利用であればあまり問題とならないが、マルチユーザーで利用する場合や、関連issueの内容から、ワークフロー処理の中断処理が必要となることが想定される。

上記、ワークフロー処理の中断API の実装を検討・実施する。

• 関連
  • #58
  • #64

• 画面仕様の、全体チェック
  • 画面がポップアップ形式でない
  • 画像のドラッグ＆ドロップの正しい仕様
  • OK/Cancelボタンがない

• "Project" "Projects" の用語の揺れあり (基本的には "Projects" で統一)
• "Project Name" にダミーデータを表示しておいてもらいたい
• "DEL (DELETE PROJECT)" ボタンを追加する

Firebase処理周りの実装の動作確認を行う。

• 準備
  • Firebase処理周りが実際に動作するアプリケーションのバージョン（ブランチ）を用意する。
  • Firebase環境でのデータ確認手順を用意（テキスト）する。

※この対応は、レビュアー（Araya）側での動作確認を想定しており、詳細なテストは、別途テスターによる実施を想定。

• 文言整理： Project → Projects

• 左側ペインへの画像ドラッグ＆ドロップ時、ドロップ可能な領域を、ハイライトしていただきたい。
• ADD ボタンを、OKボタンとする（ADDだと、EDIT時の画面で、文言が適切でないため）

オリジナルのリポジトリで対応されている同対応内容を、当リポジトリへも反映する。

• 関連
  • oist#408

Firebase認証セッション（Token）は、有効期限が1時間であるようだが、
ワークフローの実行は1時間以上要するケースがあるため、ユーザーが画面を無操作であっても、認証セッションを維持させておきたい。

• 要件

  • ユーザー操作中は、ログインセッションは維持する
  • ワークフロー画面での処理実行中は、ユーザー操作がない状態でも、ログインセッションは維持する
  • ログインセッションの有効期限は、以下を想定 （1 or 2 のいずれかは、実装の複雑さ、対応工数、も参考に選定する）
    • 1. ユーザーの最終画面操作から、X時間維持する（Xは当初24時間、変更可能とする）
    • 2. 初回ログイン成功から、X時間維持する（Xは当初24時間、変更可能とする）
      • ユーザー操作中であっても、上記の期限超過時は、ログアウトとなる
  • 上記の処理フローの説明ドキュメントを作成する

• 情報

  • https://firebase.google.com/docs/auth/admin/manage-sessions

• 技術仕様確認

  • 認証セッションの有効期限を、「ユーザーの最終操作時間から、XX時間後」という方式にすることは、（比較的簡易に）実現可能であるかどうか。

BackEndとのAPI通信時に、ローディングアイコンを表示する対応をお願いします。

• 補足
  • 基本的には、一通りの通信処理で、ローディングアイコン表示を実施する。
  • 現行のoptinist（workflow画面等）では、ローディングアイコン表示がもともと入っていないため、一旦対応保留。（今後の組み込みを想定）
    • ただし、現行のoptinistで処理時間のかかる通信は、ローディングアイコン表示対象。
      • oist#427

不具合・指摘

• 6/9版
  • 1. 以下の画面にローディングアイコン表示が入っていない。
       • 4.Projects
       • 4-1.Add Project
  • 2. 3. Databae viewで、tree/list を切り替えると、loading icon が表示されなくなっている（背景はグレーにはなる）
  • 3. 4-2. Edit Project で、loading icon が表示されたりされなかったりする模様（右ペインにloading icon が入っていない？）

対応残

• 5-2. Result
• 5-3. Visualize

• 対応内容
  • UI実装

現行Optinistでは、ブラウザリロード時、Workflow画面やVisualize画面のセッションを維持できていない。
また Workflow処理実行中にブラウザが落ちた場合なども、セッションを維持できていない。
これを、状態維持可能としたい。

• 対応内容

  • まず、対応方式の検証・レビューを行う。
  • Workflow画面を優先する。Visualize画面はまずは優先度:低

• 関連

  • #58

概要
OptiNiStオリジナルリポジトリで実施されている修正のうち、必要なものを当リポジトリへ取り込む。

重要度
中: この機能は開発要件に含まれているが、早急に対応する必要はない。

ブランチ名
TBD

期限
2023/3

対象issue

• oist#408 (#17)
• oist#402
• oist#378
• oist#410
• oist#386
• oist#379
• oist#459
• #49
• oist#440

※上記のリストへのissue追加は想定される。

概要
MRI画像Viewerについて、「OHIF Viewer」を利用する方向で仮決定。
仕様調査、組み込みを実施する。

重要度
高

ブランチ名
追加機能のbranchを書く。

期限
2023/3

関連
#6

想定タスク

※適宜追加更新

• 基本要件への対応

  • #6 (comment)

• 利用バージョンの選定

  • 最新はv3系の様であるが、3系の利用で問題はないか？
    • 3系で動作可能。 (2023/2)

• 表示

  • 複数画像の表示切替の検証

    • 以下を検証
      • 1. Viewer標準の画面リスト（左サイド欄）による切り替え
      • 2. 1画像ずつ、独自に配置したボタン（← →）による切り替え
      • → 1. での対応が行いやすいらしいことを確認。（dicom json内のjsonデータをUIに渡すことで一覧表示される）

  • Viewerのモーダル表示 （OHIF標準のUIでポップアップ表示させる）

    • → 別アプリ（nodeアプリ）として立ち上げることで、標準UIのviewerを立ち上げ可能。

• 画像リソース

  • OHIF Viewer NiFTI形式データの表示可否調査
    • 対応不可ということを再確認。
    • #59
  • dicom webを利用した画像表示
  • ローカルファイルからの画像表示

• UI

  • メニューボタンのカスタマイズ方法
    • → 一旦、簡易な対応は難しいらしいことを確認。（dicom web経由のUI構築が必要？）

• その他

  • 3Dモデル表示
    • → 非対応を確認。

MRI Image Viewer で画像断面回転機能を有効とする件について、
現在時点、以下の内容ですすめる方針とする。

• 対応方針

  • Bran Browser に、画像断面回転機能を組み込む（カスタマイズする）。

  • 補足

    • OHIF Viewerは、画像断面回転機能 等、必要な機能を有しているが、実際に組み込むにあたっては課題も多いため、対象外を想定。
      • #15
    • ここまでの情報調査で、Bran Browser が 比較的 機能を有しており、カスタマイズ が対応可能そうであることから、Bran Browserを対象とする。

• 対応内容

  • Bran Browser へ、画像の回転機能を実装する。
    • 単純な画像の回転（Rorate）ではなく、「断面の回転」の処理となる。（一定 複雑な処理）
    • OHIF Viewerの同機能が、参考となる。
  • まずは、実現可否性の調査から、実施する。
  • Bran Browser 以外でも、対応案や参考情報があれば、共有いただきたい。

• スケジュール

  • まずは 以下の画面実装を優先し、その後 当件をすすめる。
    • #56
  • 対応期日は 5/9～5/23 となる見込み。

各ページ（ログイン画面以降、全ページ？）でブラウザリロードすると、404エラーが発生する模様。

404エラーの際、以下のJSONの応答が返る。

{
  detail: "Not Found"
}

※FastAPI配下にFrontEndのコンテンツを格納していることが原因か。
　技術的対応方法を提案をいただきたい。

概要
MRI画像Viewerの組み込みタスク

重要度
高

ブランチ名
TBD

期限
2023/3

ライブラリ

• BrainBrowser - https://brainbrowser.cbrain.mcgill.ca/
• Papaya - https://rii-mango.github.io/Papaya/
  ※その他追加調査により、対象製品追加の可能性あり。

補足

• #15 で OHIF viewerの導入を検討したが、課題があるため、他Viewerの導入を進める。
• 1.BrainBrowser, 2.Papaya の優先順で進める。
  • 実装コストや技術面で課題があれば、優先度を調整。
• Viewerからイメージデータへのアクセスは、URL形式（https://~）を想定。

MRIAnalysisStudioforMouse のシステムのディレクトリ構成を仕様整理する。

検収時に万一Firebase認証機能が動作しない可能性（環境問題）を想定し、Firebase認証を利用しないダミーのログイン処理を用意する（準備まででOK）

概要
#15 にてOHIF Viewerの組み込みを検証しているが、採用の判断が難しい状況が確認されているため（dicom serverが必須）、他のViewer製品の再選定を、実施する。

重要度
高

ブランチ名
TBD

期限
※調整中（2023/2末時点）

ライブラリ
※調査前

関連

• #15
• #63

OHIF Viewer で、NiFTI 形式画像を表示させる方法を調査する。

• 参考情報

  • 標準では、OHIF Viewer は NiFTI 形式には非対応である模様。

    • （参考情報）
      • OHIF/Viewers#1629
      • OHIF/Viewers#2869
      • OHIF/Viewers#1629
      • https://groups.google.com/g/xnat_discussion/c/8U2mLHCnWuI/m/Q5EvT23-AAAJ

  • 上記の状況ではあるが、何らか対応方法があるか、調査・検証を行う。

• 関連

  • #15

• DELETE IMAGE ダイアログ上の文言誤り（× "DELETE PROJECT"）

以下、画面表示情報の仕様修正を行う。

• 資料

  • 画面設計_v10.pptx

• 修正内容

  • DatabaseのViewのカラムの名称変更
    • Dataset → Datatype
  • 日付時刻のフォーマット調整（秒の表示 不要）
    • 4.Projects, etc
  • Image Viewerの操作アイコン（←→×）が見えづらい。
    • アイコンの背景（サークル）を少し明るくするなど。

MRIデータをBIDS形式へ対応するためのツールを調査する

• 要望
  • OSS、自動処理（バッチ処理）対応、を前提
  • Bruker ParaVsion 形式のファイルを処理できること

重要度
高

期限
2023/1末

ライブラリ

• SAMRI
• MRI Manager
• BruRaw

関連issue
#2

複数の画像を、右ペインから左ペインへ、選択・移動させたい。

3/24版では、ダミー画面 or リンクを無効のいずれかの対応

• 選択された行の画像が、表示されていない？（必ず同じ画像から表示される？）
• 画像の ←→ キーでの表示ループ条件の確認 （想定仕様は「同一フォルダ内でのループ」）

フロントエンド（React）で仕様するNifTi Viewerモジュール選定する

重要度
高

期限
2023/1末

想定ライブラリ

• 候補製品メモ

  • github topics
    • https://github.com/topics/dicom-viewer
  • https://github.com/aces/brainbrowser
  • https://github.com/xtk/X
    • https://brainbrowser.cbrain.mcgill.ca/volume-viewer
  • https://github.com/OHIF/Viewers

• テストデータ

  • https://drive.google.com/drive/folders/1XbNgKAJH-kGXYBVuwgrTip7f0wJ9w14z
    • sub-*.zip
      • zip内の .nii ファイル

その他

対応内容

• 現状の課題

  • 現在のoptinistでは、複数のworkflowを同時実行することが想定されていない。
  • これに対し、MRI STUDIO版では、「Project」に紐づくworkflowを、複数 同時実行可能とすることが求められる。

• 対応内容

  • 複数のworkflowを同時実行できるようにする。
  • また同時実行の他、同時実行の状態確認も可能とする。
  • 停止操作などのworkflow個別の管理操作も可能とする。

• 想定される課題

  • frontend
    • 修正箇所の洗い出し結果によっては、修正の影響範囲が小さくない可能性もある。
    • ※現在のoptinistでは、workflow のステート管理が明文化されていないため、このタイミングで整理しておきたい。
  • backend
    • 複数のworkflowプロセスを同時実行しても問題がないか、仕様確認が必要。

• 関連

  • #64

追加機能についての概要
MRIデータをBIDS形式へ対応するための設計の実施

重要度
高

期限
2023/1E

タスクリスト

• 調査
  • BIDS仕様調査、情報整理
  • MRIデータ仕様調査、情報整理
• MRI-BIDSのマージ検討
  • ディレクトリ構造設計
  • ディレクトリCRUDルール設計

その他

• 対応内容
  • UI実装
    • 新規Worfklowの適用
      • #56
  • API実装
    • プリセットワークフローの読み込み機能
      • #58
      • #64

• 対応内容
  • UI実装

6. Account Manager で、表示カラムに UID を追加する。

• 資料
  • 画面設計_v10.pptx

API開発担当（知能情報システム社）より、Database APIのサンプルデータを受領、以下へ格納している。

• https://drive.google.com/drive/folders/1Pnt1bT1kkbkSuswaWHCycIKcVq9Ctt9p
  • rawdb-search.json
  • rawdb-search-list.json

内容について確認を行う。（問題点、要望、等）

画面を実装する。

• ツリーが3階層だが、現時点最新版では、4階層の想定。
• ダミーの画像レコードは、同一のフォルダ内に、複数件（2件以上）登録しておいていただきたい。

5-1-1. Alignmentダイアログ を実装する。

■設計資料

• 画面設計_v9_under-editing.pptx
  • https://drive.google.com/drive/folders/1ysYtYnQrYTyFBNAAbDcyQ8MalBwZdLi4
    • 画面設計_v9_under-editing.pptx
      • P.21 5-1. Workflow
      • P.22 5-1-1. Alignment

■関連

• #63
• #79

■不具合

• 1. 「＜＞」キーで画像を切り替えると、前の画像で入力した設定値が、クリアされている模様。
• 2. OK ボタンで確定→再度Alignment Dialogを表示すると、入力した設定値が、クリアされている模様。
• 3. 「Edit Imageset」で Edit Project画面へ遷移した後、OKで確定すると、Workflow画面へ戻っていない。

4-1. Add Project (4-2. Edit Project) で、同一Project Imageset内に、同一の画像登録は不可とする。

• 資料
  • 画面設計_v10.pptx

• 何度かイメージを選択すると、ダイアログが表示されない（空のダイアログがオーバーレイされる）事象が発生するケースがある。 ※この事象が発生した場合は、ESCキーを押さないと、元の画面に復帰できない。

開発版では、FrontEndのアプリを起動し、画面アクセスする形式だが、
3/24検収用に、BackEndのTOPページから、画面アクセスできるようにする。

1. http://localhost:8000/ … TOPページ
2. http://localhost:8000/original_top … 旧TOPページ（Workflow画面、暫定で残しておく ※軽微に対応可能であればでOK）