This command line tool helps generating reverse comlepment of reads.

it supports both FASTA and FASTQ file formats.

HOW TO USE ?

./KMFastQ-ReverseTool -fastq input.fq -o output.fq -rename 1

-fastq: fastq format input file address. (required) reference file should be in a FASTA format. or

-fasta: fasta format input file address.(required)

-rename: output file format[default =1] (optional) arguments : [0,1]

Sample Input : @R-Read_1.0.100 GtTGGattatataataaaatGTAGACCAGTCCTATAAACTATTCAAGCAAATAGCCAAATTTTAAAAGCTATTGAAAATATAAATTTATGCTAGTAGTTT + ahhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh @R-Read_2.9.200 ttaaatattGtTGGattatataataaaatGTAGACCAGTCCTATAAACTATTCAAGCAAATAGCCAAATTTTAAAAGCTATTGAAAATATAAATTTATGC + hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhc @R-Read_3.18.300 TAAATGttattaaatattGtTGGattatataataaaatGTAGACCAGTCCTATAAACTATTCAAGCAAATAGCCAAATTTTAAAAGCTATTGAAAATATA + hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh @R-Read_4.27.400 ACTTATTGATAAATGttattaaatattGtTGGattatataataaaatGTAGACCAGTCCTATAAACTATTCAAGCAAATAGCCAAATTTTAAAAGCTATT + hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh @R-Read_5.36.500 TATCATGTGACTTATTGATAAATGttattaaatattGtTGGattatataataaaatGTAGACCAGTCCTATAAACTATTCAAGCAAATAGCCAAATTTTA + hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh @R-Read_6.45.600 TTATTAGAATATCATGTGACTTATTGATAAATGttattaaatattGtTGGattatataataaaatGTAGACCAGTCCTATAAACTATTCAAGCAAATAGC + hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh

Sample Output :

@Read_1.0.100 AAACTACTAGCATAAATTTATATTTTCAATAGCTTTTAAAATTTGGCTATTTGCTTGAATAGTTTATAGGACTGGTCTACattttattatataatCCAaC + hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhha @Read_2.9.200 GCATAAATTTATATTTTCAATAGCTTTTAAAATTTGGCTATTTGCTTGAATAGTTTATAGGACTGGTCTACattttattatataatCCAaCaatatttaa + chhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh @Read_3.18.300 TATATTTTCAATAGCTTTTAAAATTTGGCTATTTGCTTGAATAGTTTATAGGACTGGTCTACattttattatataatCCAaCaatatttaataaCATTTA + hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh @Read_4.27.400 AATAGCTTTTAAAATTTGGCTATTTGCTTGAATAGTTTATAGGACTGGTCTACattttattatataatCCAaCaatatttaataaCATTTATCAATAAGT

Example: ./KMReadGenerator -r "/hg19/chr21.ucsc.hg19.fa" -o "output.fa" -l 30 -vp 100 -n 10 -vpt s1-b5-d1-b1-s2