Функция SubGraphsInscribed повисает about cbioinfcpp-0- HOT 12 OPEN

Здравствуйте. Я посмотрю после праздников. Но: а изначально я такие параметры рекомендовал использовать? 26.12.2023, 14:50, chernouhov/CBioInfCpp-0- < ***@***.*** ***@***.*** > Здравствуйте, Мы используем вашу библиотеку в нашей утилите https://github.com/UnickSoft/GraphOffline https://github.com/UnickSoft/GraphOffline для нашего сервиса https://graphonline.ru https://graphonline.ru. Для проверки изморённости двух графов мы используем функцию SubGraphsInscribed. Если проверить на изоморфность графы как тут https://graphonline.ru/?graph=NHdijZDMgbNTxHcf https://graphonline.ru/?graph=NHdijZDMgbNTxHcf то функция повисает и кажется навсегда. Сама функция принимает вот такие параметры: A= 1 0 2 1 3 2 4 0 4 3 5 0 6 1 6 5 7 2 7 6 8 4 8 5 9 3 9 7 9 8 B= 1 0 2 1 3 2 4 0 4 3 5 0 6 2 6 5 7 4 7 6 8 1 8 7 9 3 9 5 9 8 directed=0 InscribedOnly=0 PreThinning=1 howManySubgraphs=1 Не могли бы вы помочь исправить это? — Reply to this email directly, #4 view it on GitHub, or https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AL64DACSWTOCJVMWTGQA7ELYLK2YRAVCNFSM6AAAAABBDGQUFGVHI2DSMVQWIX3LMV43ASLTON2WKOZSGA2TMMZTHAZTCNI unsubscribe. You are receiving this because you are subscribed to this thread. Message ID: <chernouhov/CBioInfCpp-0-/issues/4 @ github. com>

В качестве временной меры имеено для проверки изоморфизма попробуйте InscribedOnly=1 Важно. InscribedOnly=0 - только так надо когда ищется фрагмент по образцу Также: А все функции моей библиотеки, что используются указанной функцией, они не утеряны? 30.12.2023, 16:00, Chernouhov Sergey < ***@***.*** ***@***.*** > Здравствуйте. Я посмотрю после праздников. Но: а изначально я такие параметры рекомендовал использовать? 26.12.2023, 14:50, chernouhov/CBioInfCpp-0- < /compose ***@***.*** > Здравствуйте, Мы используем вашу библиотеку в нашей утилите https://github.com/UnickSoft/GraphOffline https://github.com/UnickSoft/GraphOffline для нашего сервиса https://graphonline.ru https://graphonline.ru. Для проверки изморённости двух графов мы используем функцию SubGraphsInscribed. Если проверить на изоморфность графы как тут https://graphonline.ru/?graph=NHdijZDMgbNTxHcf https://graphonline.ru/?graph=NHdijZDMgbNTxHcf то функция повисает и кажется навсегда. Сама функция принимает вот такие параметры: A= 1 0 2 1 3 2 4 0 4 3 5 0 6 1 6 5 7 2 7 6 8 4 8 5 9 3 9 7 9 8 B= 1 0 2 1 3 2 4 0 4 3 5 0 6 2 6 5 7 4 7 6 8 1 8 7 9 3 9 5 9 8 directed=0 InscribedOnly=0 PreThinning=1 howManySubgraphs=1 Не могли бы вы помочь исправить это? — Reply to this email directly, #4 view it on GitHub, or https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AL64DACSWTOCJVMWTGQA7ELYLK2YRAVCNFSM6AAAAABBDGQUFGVHI2DSMVQWIX3LMV43ASLTON2WKOZSGA2TMMZTHAZTCNI unsubscribe. You are receiving this because you are subscribed to this thread. Message ID: <chernouhov/CBioInfCpp-0-/issues/4 @ github. com>

Да, еще вопрос: а в этом примере ребра направленный, граф ориентированный? если да, то directed = 1, это ускоряет 30.12.2023, 17:10, Chernouhov Sergey < ***@***.*** ***@***.*** > В качестве временной меры имеено для проверки изоморфизма попробуйте InscribedOnly=1 Важно. InscribedOnly=0 - только так надо когда ищется фрагмент по образцу Также: А все функции моей библиотеки, что используются указанной функцией, они не утеряны? 30.12.2023, 16:00, Chernouhov Sergey < /compose ***@***.*** > Здравствуйте. Я посмотрю после праздников. Но: а изначально я такие параметры рекомендовал использовать? 26.12.2023, 14:50, chernouhov/CBioInfCpp-0- < ***@***.*** > Здравствуйте, Мы используем вашу библиотеку в нашей утилите https://github.com/UnickSoft/GraphOffline https://github.com/UnickSoft/GraphOffline для нашего сервиса https://graphonline.ru https://graphonline.ru. Для проверки изморённости двух графов мы используем функцию SubGraphsInscribed. Если проверить на изоморфность графы как тут https://graphonline.ru/?graph=NHdijZDMgbNTxHcf https://graphonline.ru/?graph=NHdijZDMgbNTxHcf то функция повисает и кажется навсегда. Сама функция принимает вот такие параметры: A= 1 0 2 1 3 2 4 0 4 3 5 0 6 1 6 5 7 2 7 6 8 4 8 5 9 3 9 7 9 8 B= 1 0 2 1 3 2 4 0 4 3 5 0 6 2 6 5 7 4 7 6 8 1 8 7 9 3 9 5 9 8 directed=0 InscribedOnly=0 PreThinning=1 howManySubgraphs=1 Не могли бы вы помочь исправить это? — Reply to this email directly, #4 view it on GitHub, or https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AL64DACSWTOCJVMWTGQA7ELYLK2YRAVCNFSM6AAAAABBDGQUFGVHI2DSMVQWIX3LMV43ASLTON2WKOZSGA2TMMZTHAZTCNI unsubscribe. You are receiving this because you are subscribed to this thread. Message ID: <chernouhov/CBioInfCpp-0-/issues/4 @ github. com>

Вот что. А где Михаил Волков? Не могу его найти в вк. Смысл в том, что функция сейчас работает с ориентированным графом. С неориентированным там что-то не то на этом примере, надо разбираться. Может, взять ее стабильную версию, что была тогда у Михаила? Я-то потом стал эксперементировать, м.б. что-то подвинулось? Вы можете взять ту версию, что была на момент запуска этой функции? Она наверное у вас в бепапе есть? 26 апреля 2020, может у Вас позже. В общем на момент интеграции у Вавс или мою на тот момент 30.12.2023, 19:17, Unick Soft < ***@***.*** ***@***.*** > Спасибо, попробую InscribedOnly=1. Также: А все функции моей библиотеки, что используются указанной функцией, они не утеряны? Бибиотека используется как есть, без каких либо модификаций. а в этом примере ребра направленный, граф ориентированный? В этом приемере граф не ориентированный. И да если граф ориентированный, то передатёся directed = 1. Как функция вызвается можно найти в файле: https://github.com/UnickSoft/GraphOffline/blob/master/algorithm/IsomorphismCheck.cpp https://github.com/UnickSoft/GraphOffline/blob/master/algorithm/IsomorphismCheck.cpp — Reply to this email directly, #4 (comment) view it on GitHub, or https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AL64DAFNXH2AULSG4GLIGUDYMA5BHAVCNFSM6AAAAABBDGQUFGVHI2DSMVQWIX3LMV43OSLTON2WKQ3PNVWWK3TUHMYTQNZSGU2TOOJVGM unsubscribe. You are receiving this because you commented. Message ID: <chernouhov/CBioInfCpp-0-/issues/4/1872557953 @ github. com>

лучше даже взять на начало 2021 если у меня. но еще лучше - ту версию, которую брал Михаил для имплементации. 30.12.2023, 20:04, Chernouhov Sergey < ***@***.*** ***@***.*** > Вот что. А где Михаил Волков? Не могу его найти в вк. Смысл в том, что функция сейчас работает с ориентированным графом. С неориентированным там что-то не то на этом примере, надо разбираться. Может, взять ее стабильную версию, что была тогда у Михаила? Я-то потом стал эксперементировать, м.б. что-то подвинулось? Вы можете взять ту версию, что была на момент запуска этой функции? Она наверное у вас в бепапе есть? 26 апреля 2020, может у Вас позже. В общем на момент интеграции у Вавс или мою на тот момент 30.12.2023, 19:17, Unick Soft < /compose ***@***.*** > Спасибо, попробую InscribedOnly=1. Также: А все функции моей библиотеки, что используются указанной функцией, они не утеряны? Бибиотека используется как есть, без каких либо модификаций. а в этом примере ребра направленный, граф ориентированный? В этом приемере граф не ориентированный. И да если граф ориентированный, то передатёся directed = 1. Как функция вызвается можно найти в файле: https://github.com/UnickSoft/GraphOffline/blob/master/algorithm/IsomorphismCheck.cpp https://github.com/UnickSoft/GraphOffline/blob/master/algorithm/IsomorphismCheck.cpp — Reply to this email directly, #4 (comment) view it on GitHub, or https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AL64DAFNXH2AULSG4GLIGUDYMA5BHAVCNFSM6AAAAABBDGQUFGVHI2DSMVQWIX3LMV43OSLTON2WKQ3PNVWWK3TUHMYTQNZSGU2TOOJVGM unsubscribe. You are receiving this because you commented. Message ID: <chernouhov/CBioInfCpp-0-/issues/4/1872557953 @ github. com>

Так я и говорю - может мои новации? Хотя если не меняли. Ну тогда давайте пока оставим эту. Для ориентирванных отна точно работает. Для неориентирвоанных видите что нашлось. Погсмотрю после праздников. Все равно это надо делать. Думаю поиск по образцу по химическим соединениям запустить, с множественными метками атомов - и химэлемент, и вообще произвольной природы - вес (моэжно зхадавать объем) и другие условия. Можем тоже вместе. Но сначала поищу в чем дело после праздников. 31.12.2023, 16:32, Unick Soft < ***@***.*** ***@***.*** > Последнее обновление вашей библиотеки у нас в репозитории было Jan 30, 2021. С момента интеграции версию не меняли. Этот алгоритм уже давно у нас на сайте и только сейчас обнаружилась проблема. Для других графов он работает хорошо и не повисает. — Reply to this email directly, #4 (comment) view it on GitHub, or https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AL64DAHSBQBQ7GEO5ER42HDYMFSPTAVCNFSM6AAAAABBDGQUFGVHI2DSMVQWIX3LMV43OSLTON2WKQ3PNVWWK3TUHMYTQNZSHE2DSOBUGU unsubscribe. You are receiving this because you commented. Message ID: <chernouhov/CBioInfCpp-0-/issues/4/1872949845 @ github. com>

Я пофиксил кое-что - этот пример стал работать. Пользуйтесь. Однако: можете прислать с мейла компании мне сюда ранее использованную версию моей библиотеки - еще до моих последних экспериметов - посмотреть и сохранить? 31.12.2023, 16:32, chernouhov/CBioInfCpp-0- < ***@***.*** ***@***.*** > Последнее обновление вашей библиотеки у нас в репозитории было Jan 30, 2021. С момента интеграции версию не меняли. Этот алгоритм уже давно у нас на сайте и только сейчас обнаружилась проблема. Для других графов он работает хорошо и не повисает. — Reply to this email directly, #4 (comment) view it on GitHub, or https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AL64DAHSBQBQ7GEO5ER42HDYMFSPTAVCNFSM6AAAAABBDGQUFGVHI2DSMVQWIX3LMV43OSLTON2WKQ3PNVWWK3TUHMYTQNZSHE2DSOBUGU unsubscribe. You are receiving this because you commented. Message ID: <chernouhov/CBioInfCpp-0-/issues/4/1872949845 @ github. com>

К сожалению, пришлось откатить правки назад. Берите эту версию или продолжайте использовать ту, что раньше была, апробированную. Смысл алгоритма что он, во-первых, более расчитан на поиск в большом графе по образцу (для изоморфизма 2х надо потом оптимизировать), и он - как и декларируется - может искать быстро (если есть "за что зацепиться - чем менее типичные ключения в графе есть, тем быстрее), так и улететь в космос если граф плотен и "равномерен", все части похожи, не зачто глазу зацепиться. Так что предложенный пример заваливает алгоритм, м.б., так и было задумано? С другой стороны, если рассмотреть химические графы, то там будет метки вершит, и он будет менее "одинаковый" в разные частях. 31.12.2023, 16:32, chernouhov/CBioInfCpp-0- < ***@***.*** ***@***.*** > Последнее обновление вашей библиотеки у нас в репозитории было Jan 30, 2021. С момента интеграции версию не меняли. Этот алгоритм уже давно у нас на сайте и только сейчас обнаружилась проблема. Для других графов он работает хорошо и не повисает. — Reply to this email directly, #4 (comment) view it on GitHub, or https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AL64DAHSBQBQ7GEO5ER42HDYMFSPTAVCNFSM6AAAAABBDGQUFGVHI2DSMVQWIX3LMV43OSLTON2WKQ3PNVWWK3TUHMYTQNZSHE2DSOBUGU unsubscribe. You are receiving this because you commented. Message ID: <chernouhov/CBioInfCpp-0-/issues/4/1872949845 @ github. com>

На очень больших графах - не всегда, а скорее наоборот Вы можете мне напрямую на мейл написать? 24.03.2024, 21:58, Unick Soft < ***@***.*** ***@***.*** > Добрый день. Если ваш алгоритм работает корректно для ориентированных графов и иногда повисает для неориентированных графов, то может ли подойти такое решение: Все не ориентированные дуги заменять на 2 ориентированные перед вызовом функции вашей библиотеки. Таким образом библиотека всегда будет работать с ориентированным графов. Я преобразовал граф, на котором повторилась проблема, таким образом и теперь ничего не повисает. http://graphonline.ru/?graph=AoZcKHHMOagEhfQD http://graphonline.ru/?graph=AoZcKHHMOagEhfQD Как вы думаете это приемлемее решение? — Reply to this email directly, #4 (comment) view it on GitHub, or https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AL64DAF3F7BPWVHM4CLJT63YZ4O4RAVCNFSM6AAAAABBDGQUFGVHI2DSMVQWIX3LMV43OSLTON2WKQ3PNVWWK3TUHMZDAMJWHEYDKOJYGQ unsubscribe. You are receiving this because you commented. Message ID: <chernouhov/CBioInfCpp-0-/issues/4/2016905984 @ github. com>