make

Deux exécutables sont présents :

ReadPDB.out RMSD.out

Tous les fichiers PDB sont mis à disposition dans le dossier PDB. Les fichiers de sortie seront générés dans le dossier XYZ.

./ReadPDB.out pdb_file [number_of_output_files]

./RMSD.out xyz_file_1 xyz_file_2

./ReadPDB.out PDB/7cmm.pdb 5 ./ReadPDB.out PDB/7kah.pdb

./RMSD.out XYZ/7cmm_0001.xyz XYZ/7cmm_0003.xyz

Lors de l'exécution de ReadPDB, un menu interactif est présenté. Celui-ci permet de choisir les transformations à appliquer ainsi que de vérifier la topologie de la molécule. Pour chaque transformation, le choix est donné entre une transformation à valeur aléatoire ou à valeur choisie. Si la valeur est insérée par l'utilisateur, un certain format doit être respecté.

Pour effectuer une translation d'un vecteur (à valeurs réelles) donné, celui-ci doit être séparé par des virgules. Pour effectuer une rotation, la valeur de l'angle (à valeur réelle) doit être au format réel (exemple : 15. ou 15.0).

Le commentaire des fichiers XYZ contient sur les quatre premiers caractères le nombre de transformations effectuées, puis chaque transformation dans l'ordre dans lequel elle a été effectuée. Ces transformations sont relues en mémoire à partir du fichier XYZ afin de pouvoir continuer à modifier une molécule qui aurait préalablement été écrite par ce même programme.